生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2010年
2期
134-138,141
,共6页
申志勇%屈武斌%李煞骀%杭兴宜%张成岗
申誌勇%屈武斌%李煞駘%杭興宜%張成崗
신지용%굴무빈%리살태%항흥의%장성강
引物%引物对匹配指数%引物特异性%多重PCR
引物%引物對匹配指數%引物特異性%多重PCR
인물%인물대필배지수%인물특이성%다중PCR
聚合酶链式反应(PCR)虽已广泛用于分子生物学研究中,然而PCR实验中的非特异性产物问题将直接影响PCR的效率,在多重PCR实验中更是如此.为了最大限度地降低非特异性产物的出现率,同时避免用户频繁使用Blast比对检查非特异性,我们开发了基于NCBI-Blast的引物评估和模板DNA特异性结合能力评估的核查系统PSC(Primer Specificity Checking,http://biocompute.bmi.ac.cn/PSC),并基于虚拟PCR实验确定了用于引物质量核查计算的多种参数,能够在线提供多个物种的引物特异性核查结果.该系统可以有效地对引物序列可能产生的所有非特异性扩增进行预测,有助于实验前引物优化或者对非特异扩增结果进行解释,最终达到提高PCR效率的目的.
聚閤酶鏈式反應(PCR)雖已廣汎用于分子生物學研究中,然而PCR實驗中的非特異性產物問題將直接影響PCR的效率,在多重PCR實驗中更是如此.為瞭最大限度地降低非特異性產物的齣現率,同時避免用戶頻繁使用Blast比對檢查非特異性,我們開髮瞭基于NCBI-Blast的引物評估和模闆DNA特異性結閤能力評估的覈查繫統PSC(Primer Specificity Checking,http://biocompute.bmi.ac.cn/PSC),併基于虛擬PCR實驗確定瞭用于引物質量覈查計算的多種參數,能夠在線提供多箇物種的引物特異性覈查結果.該繫統可以有效地對引物序列可能產生的所有非特異性擴增進行預測,有助于實驗前引物優化或者對非特異擴增結果進行解釋,最終達到提高PCR效率的目的.
취합매련식반응(PCR)수이엄범용우분자생물학연구중,연이PCR실험중적비특이성산물문제장직접영향PCR적효솔,재다중PCR실험중경시여차.위료최대한도지강저비특이성산물적출현솔,동시피면용호빈번사용Blast비대검사비특이성,아문개발료기우NCBI-Blast적인물평고화모판DNA특이성결합능력평고적핵사계통PSC(Primer Specificity Checking,http://biocompute.bmi.ac.cn/PSC),병기우허의PCR실험학정료용우인물질량핵사계산적다충삼수,능구재선제공다개물충적인물특이성핵사결과.해계통가이유효지대인물서렬가능산생적소유비특이성확증진행예측,유조우실험전인물우화혹자대비특이확증결과진행해석,최종체도제고PCR효솔적목적.
