农业生物技术学报
農業生物技術學報
농업생물기술학보
JOURNAL OF AGRICULTURAL BIOTECHNOLOGY
2010年
4期
737-745
,共9页
娄昆鹏%程安春%汪铭书%朱德康%贾仁勇%罗启慧%刘菲%陈孝跃
婁昆鵬%程安春%汪銘書%硃德康%賈仁勇%囉啟慧%劉菲%陳孝躍
루곤붕%정안춘%왕명서%주덕강%가인용%라계혜%류비%진효약
鸭瘟病毒%UL28基因%克隆%序列分析
鴨瘟病毒%UL28基因%剋隆%序列分析
압온병독%UL28기인%극륭%서렬분석
对已构建的鸭瘟病毒(DPV)DNA基因文库重组质粒序列测序后,结合ORF Finder和BLAST工具分析得到了DPV UL28基因的开放阅读框.PCR扩增后将其连接至pMD18-T克隆载体,获得完整基因.经测序、PCR和双酶切鉴定,进一步用核酸探针斑点杂交确认完整片段(ORF2412)属于DPV DNA(GenBank登录号EF643557).运用生物信息学分析软件NNPP version 2.2、Translate tool、DNAStar等分析序列特性,并用EMBOSS软件包的CHIPS和CUSP程序分析密码子使用情况.结果显示,其具有疱疹病毒UL28类似家族成员的典型特征,包含1个保守结构域:疱疹病毒加工和组装蛋白(PRTP),并含有多个与功能相关的磷酸化和N-糖基化位点,编码多肽疏水区大于亲水区,是一种膜外蛋白.DPV UL28基因与禽类疱疹病毒(α-疱疹病毒)的亲缘关系最近.UL28基因在密码子选择使用上显示出较强的偏爱性.
對已構建的鴨瘟病毒(DPV)DNA基因文庫重組質粒序列測序後,結閤ORF Finder和BLAST工具分析得到瞭DPV UL28基因的開放閱讀框.PCR擴增後將其連接至pMD18-T剋隆載體,穫得完整基因.經測序、PCR和雙酶切鑒定,進一步用覈痠探針斑點雜交確認完整片段(ORF2412)屬于DPV DNA(GenBank登錄號EF643557).運用生物信息學分析軟件NNPP version 2.2、Translate tool、DNAStar等分析序列特性,併用EMBOSS軟件包的CHIPS和CUSP程序分析密碼子使用情況.結果顯示,其具有皰疹病毒UL28類似傢族成員的典型特徵,包含1箇保守結構域:皰疹病毒加工和組裝蛋白(PRTP),併含有多箇與功能相關的燐痠化和N-糖基化位點,編碼多肽疏水區大于親水區,是一種膜外蛋白.DPV UL28基因與禽類皰疹病毒(α-皰疹病毒)的親緣關繫最近.UL28基因在密碼子選擇使用上顯示齣較彊的偏愛性.
대이구건적압온병독(DPV)DNA기인문고중조질립서렬측서후,결합ORF Finder화BLAST공구분석득도료DPV UL28기인적개방열독광.PCR확증후장기련접지pMD18-T극륭재체,획득완정기인.경측서、PCR화쌍매절감정,진일보용핵산탐침반점잡교학인완정편단(ORF2412)속우DPV DNA(GenBank등록호EF643557).운용생물신식학분석연건NNPP version 2.2、Translate tool、DNAStar등분석서렬특성,병용EMBOSS연건포적CHIPS화CUSP정서분석밀마자사용정황.결과현시,기구유포진병독UL28유사가족성원적전형특정,포함1개보수결구역:포진병독가공화조장단백(PRTP),병함유다개여공능상관적린산화화N-당기화위점,편마다태소수구대우친수구,시일충막외단백.DPV UL28기인여금류포진병독(α-포진병독)적친연관계최근.UL28기인재밀마자선택사용상현시출교강적편애성.
