CAJ | 학술논문

考察了基质辅助激光解析飞行时间质谱获得肽质量指纹谱(PMF)时主要分析条件及准确度对蛋白质数据库搜索结果的影响.将牛血清白蛋白(BSA)经聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分离、酶解;肽段经质谱分析得PMF数据;用MS-Fit引擎在相同数据库及参数下搜索.得出:(1)激光脉冲击打次数在300次以前时,蛋白序列和肽段覆盖率逐步增加;当击打400次时,覆盖率呈下降趋势;(2)随着激光强度增加,目标蛋白得分、氨基酸序列和肽段的覆盖率逐步增加,但当强度增到1413时,则呈现降低趋势;(3)随延迟时间的增加,肽覆盖率呈递增趋势,但当达260 ns后呈下降趋势.按照优化的分析条件对同一位点重复3次,重复性良好.通过对质谱数据准确度的考察,发现以Mix2为外标,数据跟标准值差异越小时,则经其校正后的肽段数据所搜索目标蛋白的得分越高、排序靠前、检出预选蛋白个数越少,可信度越高;反之,难获得候选蛋白.结果表明:质谱准确度和分析条件对蛋白质数据库搜索影响显著.
고찰료기질보조격광해석비행시간질보획득태질량지문보(PMF)시주요분석조건급준학도대단백질수거고수색결과적영향.장우혈청백단백(BSA)경취병희선알응효전영(SDS-PAGE)분리、매해;태단경질보분석득PMF수거;용MS-Fit인경재상동수거고급삼수하수색.득출:(1)격광맥충격타차수재300차이전시,단백서렬화태단복개솔축보증가;당격타400차시,복개솔정하강추세;(2)수착격광강도증가,목표단백득분、안기산서렬화태단적복개솔축보증가,단당강도증도1413시,칙정현강저추세;(3)수연지시간적증가,태복개솔정체증추세,단당체260 ns후정하강추세.안조우화적분석조건대동일위점중복3차,중복성량호.통과대질보수거준학도적고찰,발현이Mix2위외표,수거근표준치차이월소시,칙경기교정후적태단수거소수색목표단백적득분월고、배서고전、검출예선단백개수월소,가신도월고;반지,난획득후선단백.결과표명:질보준학도화분석조건대단백질수거고수색영향현저.