遗传
遺傳
유전
HEREDITAS(BEIJING)
2012年
1期
59-71
,共13页
爪蟾%系统发生分析%转录因子%基因本体论
爪蟾%繫統髮生分析%轉錄因子%基因本體論
조섬%계통발생분석%전록인자%기인본체론
爪蟾是重要的生物医学模式动物.文章根据NCBI公布的热带爪蟾(Xenopus tropicalis)基因组数据,利用生物信息学方法提取和鉴定了爪蟾全基因组范围的碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)基因信息,应用系统发生方法进行分类并做基因本体论(Gene Ontology,GO)功能富集分布分析,以期从整体上探讨爪蟾bHLH转录因子基因家族的分类及功能.结果表明,在热带爪蟾基因组数据库中发现了70个bHLH转录因子,其中69个可以分别归到6大组(A～F)的34个亚家族中,另一个为“孤儿因子”(Orphan)基因.GO富集分布统计发现有51个显著富集分布的GO注释语句,其中转录调控活性、转录调控、DNA结合、RNA代谢过程调控、DNA依赖的转录调控、转录和转录因子活性等出现频率很高,表明这些GO术语是爪蟾bHLH基因最常见的功能；许多bHLH转录因子在一些重要的发育或生理过程中发挥调控作用,如肌肉组织和器官(横纹肌、骨骼肌、眼部和咽部肌肉)的分化和发育、消化系统发育、咽部和感觉器官的发育、碱基和核苷及核酸的代谢调控、生物合成过程调控、DNA结合和蛋白质异聚化活性等.另外,还有一些重要信号通路(Signaling pathway)的GO术语显著地富集.文章还对Hes转录因子家族做了进化分析.这些结果为热带爪蟾bHLH基因的进一步研究打下了很好的基础.
爪蟾是重要的生物醫學模式動物.文章根據NCBI公佈的熱帶爪蟾(Xenopus tropicalis)基因組數據,利用生物信息學方法提取和鑒定瞭爪蟾全基因組範圍的堿性螺鏇-環-螺鏇(bHLH)基因信息,應用繫統髮生方法進行分類併做基因本體論(Gene Ontology,GO)功能富集分佈分析,以期從整體上探討爪蟾bHLH轉錄因子基因傢族的分類及功能.結果錶明,在熱帶爪蟾基因組數據庫中髮現瞭70箇bHLH轉錄因子,其中69箇可以分彆歸到6大組(A～F)的34箇亞傢族中,另一箇為“孤兒因子”(Orphan)基因.GO富集分佈統計髮現有51箇顯著富集分佈的GO註釋語句,其中轉錄調控活性、轉錄調控、DNA結閤、RNA代謝過程調控、DNA依賴的轉錄調控、轉錄和轉錄因子活性等齣現頻率很高,錶明這些GO術語是爪蟾bHLH基因最常見的功能；許多bHLH轉錄因子在一些重要的髮育或生理過程中髮揮調控作用,如肌肉組織和器官(橫紋肌、骨骼肌、眼部和嚥部肌肉)的分化和髮育、消化繫統髮育、嚥部和感覺器官的髮育、堿基和覈苷及覈痠的代謝調控、生物閤成過程調控、DNA結閤和蛋白質異聚化活性等.另外,還有一些重要信號通路(Signaling pathway)的GO術語顯著地富集.文章還對Hes轉錄因子傢族做瞭進化分析.這些結果為熱帶爪蟾bHLH基因的進一步研究打下瞭很好的基礎.
조섬시중요적생물의학모식동물.문장근거NCBI공포적열대조섬(Xenopus tropicalis)기인조수거,이용생물신식학방법제취화감정료조섬전기인조범위적감성라선-배-라선(bHLH)기인신식,응용계통발생방법진행분류병주기인본체론(Gene Ontology,GO)공능부집분포분석,이기종정체상탐토조섬bHLH전록인자기인가족적분류급공능.결과표명,재열대조섬기인조수거고중발현료70개bHLH전록인자,기중69개가이분별귀도6대조(A～F)적34개아가족중,령일개위“고인인자”(Orphan)기인.GO부집분포통계발현유51개현저부집분포적GO주석어구,기중전록조공활성、전록조공、DNA결합、RNA대사과정조공、DNA의뢰적전록조공、전록화전록인자활성등출현빈솔흔고,표명저사GO술어시조섬bHLH기인최상견적공능；허다bHLH전록인자재일사중요적발육혹생리과정중발휘조공작용,여기육조직화기관(횡문기、골격기、안부화인부기육)적분화화발육、소화계통발육、인부화감각기관적발육、감기화핵감급핵산적대사조공、생물합성과정조공、DNA결합화단백질이취화활성등.령외,환유일사중요신호통로(Signaling pathway)적GO술어현저지부집.문장환대Hes전록인자가족주료진화분석.저사결과위열대조섬bHLH기인적진일보연구타하료흔호적기출.
