分析化学
分析化學
분석화학
CHINESE JOURNAL OF ANALYTICAL CHEMISTRY
2008年
4期
467-472
,共6页
彭咏波%马永平%夏永鹏%邱宗荫
彭詠波%馬永平%夏永鵬%邱宗蔭
팽영파%마영평%하영붕%구종음
激光辅助解析/飞行时间质谱%肽质量指纹谱搜索%蛋白质
激光輔助解析/飛行時間質譜%肽質量指紋譜搜索%蛋白質
격광보조해석/비행시간질보%태질량지문보수색%단백질
为了优化肽质量指纹谱(peptide mass fingerprint, PMF)鉴定蛋白质的生物信息学分析条件.将牛碳酸酐酶2(carbonic anhydrase-2,CAH2)和人热休克蛋白70s(Hsp70s)进行2-DE分离、酶解,肽段经过MALDI-TOF MS分析得到PMF数据.选择Swissprot、MSDB、NCBInr、Random等数据库和MASCOT与MS-Fit搜索引擎,以牛CAH2为模型优化搜索参数,结果表明:Swissprot是适合做蛋白PMF分析的数据库;主要参数最佳设置为:漏切位点数为1个,肽质量容错数为±1 Da,同时肽质量类型选择平均分子质量比单同位素质量更便于候选蛋白的筛选.最后用人Hsp70s蛋白的PMF数据检验优化条件,结果表明,所选择的数据库及参数是可靠的.
為瞭優化肽質量指紋譜(peptide mass fingerprint, PMF)鑒定蛋白質的生物信息學分析條件.將牛碳痠酐酶2(carbonic anhydrase-2,CAH2)和人熱休剋蛋白70s(Hsp70s)進行2-DE分離、酶解,肽段經過MALDI-TOF MS分析得到PMF數據.選擇Swissprot、MSDB、NCBInr、Random等數據庫和MASCOT與MS-Fit搜索引擎,以牛CAH2為模型優化搜索參數,結果錶明:Swissprot是適閤做蛋白PMF分析的數據庫;主要參數最佳設置為:漏切位點數為1箇,肽質量容錯數為±1 Da,同時肽質量類型選擇平均分子質量比單同位素質量更便于候選蛋白的篩選.最後用人Hsp70s蛋白的PMF數據檢驗優化條件,結果錶明,所選擇的數據庫及參數是可靠的.
위료우화태질량지문보(peptide mass fingerprint, PMF)감정단백질적생물신식학분석조건.장우탄산항매2(carbonic anhydrase-2,CAH2)화인열휴극단백70s(Hsp70s)진행2-DE분리、매해,태단경과MALDI-TOF MS분석득도PMF수거.선택Swissprot、MSDB、NCBInr、Random등수거고화MASCOT여MS-Fit수색인경,이우CAH2위모형우화수색삼수,결과표명:Swissprot시괄합주단백PMF분석적수거고;주요삼수최가설치위:루절위점수위1개,태질량용착수위±1 Da,동시태질량류형선택평균분자질량비단동위소질량경편우후선단백적사선.최후용인Hsp70s단백적PMF수거검험우화조건,결과표명,소선택적수거고급삼수시가고적.
