微生物学报
微生物學報
미생물학보
ACTA MICROBIOLOGICA SINICA
2008年
8期
1104-1109
,共6页
脂蛋白%猪链球菌2型%生物信息学%毒力因子
脂蛋白%豬鏈毬菌2型%生物信息學%毒力因子
지단백%저련구균2형%생물신식학%독력인자
[目的]鉴别已公布基因组序列的SS2 05ZYH33株的脂蛋白(Lpp).[方法]首先从Genbank获取由 SS2 05ZYH33基因组推测的蛋白质氨基酸序列,然后利用Lpp预测软件PrositeScan和DOLOP预测05ZYH33株的Lpp,采用SignalP 3.0 HMM、PrediSi、Phobius、LipoP-HMM和TMHMMversion2.0分析预测的Lpp的信号肽,然后经"多数票决法"确定Lpp;最后利用InterProScan和BlastP服务器对鉴定的Lpp进行功能分析.[结果]鉴定出34种Lpp,占SS2致病株05ZYH33蛋白质组的1.555%.结构与功能分析结果表明,最大的一类Lpp是ABC运输蛋白的底物结合蛋白,共有16种,其中YP_001197586、YP_001197918、YP_001198449、YP_001199435、YP_001197482、YP_001199452和YP_001198914等7种基因可与其他成分组成完整的ABC运输蛋白操纵子,这些Lpp在SS2获取糖、氨基酸和金属离子等营养物质方面具有重要作用.YP_001197698与无乳链球菌的黏附素Lmb和化脓链球菌的黏附素Lbp及YP_001198710与肺炎链球菌的SlrA高度同源,推测它们与黏附功能有关,为SS2新的毒力因子;其他Lpp包括酶、参与蛋白质折叠过程的Lpp及功能未知的Lpp.[结论]这些资料提示Lpp在SS2的生理和致病性方面具有重要作用.
[目的]鑒彆已公佈基因組序列的SS2 05ZYH33株的脂蛋白(Lpp).[方法]首先從Genbank穫取由 SS2 05ZYH33基因組推測的蛋白質氨基痠序列,然後利用Lpp預測軟件PrositeScan和DOLOP預測05ZYH33株的Lpp,採用SignalP 3.0 HMM、PrediSi、Phobius、LipoP-HMM和TMHMMversion2.0分析預測的Lpp的信號肽,然後經"多數票決法"確定Lpp;最後利用InterProScan和BlastP服務器對鑒定的Lpp進行功能分析.[結果]鑒定齣34種Lpp,佔SS2緻病株05ZYH33蛋白質組的1.555%.結構與功能分析結果錶明,最大的一類Lpp是ABC運輸蛋白的底物結閤蛋白,共有16種,其中YP_001197586、YP_001197918、YP_001198449、YP_001199435、YP_001197482、YP_001199452和YP_001198914等7種基因可與其他成分組成完整的ABC運輸蛋白操縱子,這些Lpp在SS2穫取糖、氨基痠和金屬離子等營養物質方麵具有重要作用.YP_001197698與無乳鏈毬菌的黏附素Lmb和化膿鏈毬菌的黏附素Lbp及YP_001198710與肺炎鏈毬菌的SlrA高度同源,推測它們與黏附功能有關,為SS2新的毒力因子;其他Lpp包括酶、參與蛋白質摺疊過程的Lpp及功能未知的Lpp.[結論]這些資料提示Lpp在SS2的生理和緻病性方麵具有重要作用.
[목적]감별이공포기인조서렬적SS2 05ZYH33주적지단백(Lpp).[방법]수선종Genbank획취유 SS2 05ZYH33기인조추측적단백질안기산서렬,연후이용Lpp예측연건PrositeScan화DOLOP예측05ZYH33주적Lpp,채용SignalP 3.0 HMM、PrediSi、Phobius、LipoP-HMM화TMHMMversion2.0분석예측적Lpp적신호태,연후경"다수표결법"학정Lpp;최후이용InterProScan화BlastP복무기대감정적Lpp진행공능분석.[결과]감정출34충Lpp,점SS2치병주05ZYH33단백질조적1.555%.결구여공능분석결과표명,최대적일류Lpp시ABC운수단백적저물결합단백,공유16충,기중YP_001197586、YP_001197918、YP_001198449、YP_001199435、YP_001197482、YP_001199452화YP_001198914등7충기인가여기타성분조성완정적ABC운수단백조종자,저사Lpp재SS2획취당、안기산화금속리자등영양물질방면구유중요작용.YP_001197698여무유련구균적점부소Lmb화화농련구균적점부소Lbp급YP_001198710여폐염련구균적SlrA고도동원,추측타문여점부공능유관,위SS2신적독력인자;기타Lpp포괄매、삼여단백질절첩과정적Lpp급공능미지적Lpp.[결론]저사자료제시Lpp재SS2적생리화치병성방면구유중요작용.
