CAJ | 학술논문

跨物种的生物序列比较已经被广泛应用于基因功能预测,而越来越多的实验表明序列相似性并不足以保证基因功能相似.为了精确确定基因功能,不仅需要考虑序列性质,还需探索基因表达信息的特性,因为基因表达的改变往往伴随着基因功能的改变.通过聚类分析基因表达谱,可以直观判断协同表达基因及其规律,这是考察基因功能的重要一步.由于生物组织基因表达的复杂性,以及识别表达的microarray技术和理念的不断更新,表达数据的规模也呈指数规律递增,聚类分析遭遇了巨大瓶颈--过高的时空复杂度.根据"基因表达谱"的数据特征,对处理表达谱数据的分层聚类提出了一种并行分层聚类算法--PHCA,主要解决了并行设计的负载平衡问题,并实现了MPI平台的并行程序设计.并行程序性能分析表明,PHCA算法较大幅度降低了分层聚类算法的时空复杂度.
과물충적생물서렬비교이경피엄범응용우기인공능예측,이월래월다적실험표명서렬상사성병불족이보증기인공능상사.위료정학학정기인공능,불부수요고필서렬성질,환수탐색기인표체신식적특성,인위기인표체적개변왕왕반수착기인공능적개변.통과취류분석기인표체보,가이직관판단협동표체기인급기규률,저시고찰기인공능적중요일보.유우생물조직기인표체적복잡성,이급식별표체적microarray기술화이념적불단경신,표체수거적규모야정지수규률체증,취류분석조우료거대병경--과고적시공복잡도.근거"기인표체보"적수거특정,대처리표체보수거적분층취류제출료일충병행분층취류산법--PHCA,주요해결료병행설계적부재평형문제,병실현료MPI평태적병행정서설계.병행정서성능분석표명,PHCA산법교대폭도강저료분층취류산법적시공복잡도.