中国草地学报
中國草地學報
중국초지학보
CHINESE JOURNAL OF GRASSLAND
2010年
4期
117-120
,共4页
赵岩%王涛%孔凡美%李斯深
趙巖%王濤%孔凡美%李斯深
조암%왕도%공범미%리사심
翦股颖%EST-SSR%标记开发
翦股穎%EST-SSR%標記開髮
전고영%EST-SSR%표기개발
为加速分子标记在翦股颖中的应用,利用GenBank中翦股颖EST数据信息,展开了翦股颖EST-SSR信息分析和标记开发研究.在16992条翦股颖EST序列中,共发现微卫星序列254条,占整个EST总数的1.49%.EST序列总长为12717kb,平均每50.07kb含有1个SSR.EST-SSR分布特征分析表明,在所有SSR中,六核苷酸基序最多(37.80%),三核苷酸基序(31.10%)次之;六核苷酸基序以TGCGGC/ACGCCG出现频率最高(3.15%),TCCAGC/AGGTCG次之(2.36%);三核苷酸基序以CAG/GTC出现频率最高(10.63%),其次分别为GCA/CGT(3.54%)、GAT/CTA(2.36%)和AAG/TTC(2.36%).根据这些含有SSR的EST序列,利用Primer 5.0软件,设计了77对EST-SSR引物,并选择其中15对引物进行合成.15对引物在翦股颖中均有PCR扩增条带.利用这些引物,选用8个翦股颖品种进行多态性研究,其中9对EST-SSR引物有多态性,共检测到23个多态性位点,平均每对引物产生2.56个多态性位点.
為加速分子標記在翦股穎中的應用,利用GenBank中翦股穎EST數據信息,展開瞭翦股穎EST-SSR信息分析和標記開髮研究.在16992條翦股穎EST序列中,共髮現微衛星序列254條,佔整箇EST總數的1.49%.EST序列總長為12717kb,平均每50.07kb含有1箇SSR.EST-SSR分佈特徵分析錶明,在所有SSR中,六覈苷痠基序最多(37.80%),三覈苷痠基序(31.10%)次之;六覈苷痠基序以TGCGGC/ACGCCG齣現頻率最高(3.15%),TCCAGC/AGGTCG次之(2.36%);三覈苷痠基序以CAG/GTC齣現頻率最高(10.63%),其次分彆為GCA/CGT(3.54%)、GAT/CTA(2.36%)和AAG/TTC(2.36%).根據這些含有SSR的EST序列,利用Primer 5.0軟件,設計瞭77對EST-SSR引物,併選擇其中15對引物進行閤成.15對引物在翦股穎中均有PCR擴增條帶.利用這些引物,選用8箇翦股穎品種進行多態性研究,其中9對EST-SSR引物有多態性,共檢測到23箇多態性位點,平均每對引物產生2.56箇多態性位點.
위가속분자표기재전고영중적응용,이용GenBank중전고영EST수거신식,전개료전고영EST-SSR신식분석화표기개발연구.재16992조전고영EST서렬중,공발현미위성서렬254조,점정개EST총수적1.49%.EST서렬총장위12717kb,평균매50.07kb함유1개SSR.EST-SSR분포특정분석표명,재소유SSR중,륙핵감산기서최다(37.80%),삼핵감산기서(31.10%)차지;륙핵감산기서이TGCGGC/ACGCCG출현빈솔최고(3.15%),TCCAGC/AGGTCG차지(2.36%);삼핵감산기서이CAG/GTC출현빈솔최고(10.63%),기차분별위GCA/CGT(3.54%)、GAT/CTA(2.36%)화AAG/TTC(2.36%).근거저사함유SSR적EST서렬,이용Primer 5.0연건,설계료77대EST-SSR인물,병선택기중15대인물진행합성.15대인물재전고영중균유PCR확증조대.이용저사인물,선용8개전고영품충진행다태성연구,기중9대EST-SSR인물유다태성,공검측도23개다태성위점,평균매대인물산생2.56개다태성위점.
