生物技术通报
生物技術通報
생물기술통보
BIOTECHNOLOGY BULLETIN
2010年
5期
121-125,140
,共6页
超声%染色质免疫沉淀%基因组DNA%ChIPSeq%ChIP-chip
超聲%染色質免疫沉澱%基因組DNA%ChIPSeq%ChIP-chip
초성%염색질면역침정%기인조DNA%ChIPSeq%ChIP-chip
染色质免疫沉淀试验中对共价交联的基因组染色质进行超声处理以获得适当大小的DNA片段是ChIPSeq和ChIP-chip成功的前提.影响基因组DNA破碎的因素很多,细胞浓度、细胞裂解方式、超声体积、探头深度、超声环境、超声时间和超声功率等都会对超声效果产生影响.如何获得各个可变参数的优化组合是一个需要多次摸索的过程,借鉴其它研究者已经建立的优化条件进行探索是一条比较省时简便的途径.本研究针对超声时间、细胞裂解方式、超声环境和超声功率等因素进行优化;利用优化的条件超声,得到适合大小的DNA片段;对这些片段进行染色质免疫沉淀试验,获得已知靶基因的特异性富集;证明超声优化条件是成功的.本研究提出的超声优化策略及获得的优化条件为后续ChIPSeq试验创造了前提条件,也对其他研究者具有借鉴意义.
染色質免疫沉澱試驗中對共價交聯的基因組染色質進行超聲處理以穫得適噹大小的DNA片段是ChIPSeq和ChIP-chip成功的前提.影響基因組DNA破碎的因素很多,細胞濃度、細胞裂解方式、超聲體積、探頭深度、超聲環境、超聲時間和超聲功率等都會對超聲效果產生影響.如何穫得各箇可變參數的優化組閤是一箇需要多次摸索的過程,藉鑒其它研究者已經建立的優化條件進行探索是一條比較省時簡便的途徑.本研究針對超聲時間、細胞裂解方式、超聲環境和超聲功率等因素進行優化;利用優化的條件超聲,得到適閤大小的DNA片段;對這些片段進行染色質免疫沉澱試驗,穫得已知靶基因的特異性富集;證明超聲優化條件是成功的.本研究提齣的超聲優化策略及穫得的優化條件為後續ChIPSeq試驗創造瞭前提條件,也對其他研究者具有藉鑒意義.
염색질면역침정시험중대공개교련적기인조염색질진행초성처리이획득괄당대소적DNA편단시ChIPSeq화ChIP-chip성공적전제.영향기인조DNA파쇄적인소흔다,세포농도、세포렬해방식、초성체적、탐두심도、초성배경、초성시간화초성공솔등도회대초성효과산생영향.여하획득각개가변삼수적우화조합시일개수요다차모색적과정,차감기타연구자이경건립적우화조건진행탐색시일조비교성시간편적도경.본연구침대초성시간、세포렬해방식、초성배경화초성공솔등인소진행우화;이용우화적조건초성,득도괄합대소적DNA편단;대저사편단진행염색질면역침정시험,획득이지파기인적특이성부집;증명초성우화조건시성공적.본연구제출적초성우화책략급획득적우화조건위후속ChIPSeq시험창조료전제조건,야대기타연구자구유차감의의.
