生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2010年
2期
142-146,149
,共6页
周祎%陈洪俊%李明福%易丽萍%刘选明%谭钟扬
週祎%陳洪俊%李明福%易麗萍%劉選明%譚鐘颺
주의%진홍준%리명복%역려평%류선명%담종양
芜菁花叶病毒%密码子偏性%聚类
蕪菁花葉病毒%密碼子偏性%聚類
무정화협병독%밀마자편성%취류
现有92株芜菁花叶病毒(TuMV)的全基因组序列已在GenBank报道,据分析报道其中58株不含重组序列.利用系统聚类法对92株TuMV的全基因组序列和58株TuMV全基因组序列的相对密码子频率RSCU值进行聚类分析.同时利用系统发育分析方法分析了这92株和58株TuMV全基因组序列.结果发现,92株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系统进化树的一致度很低;而不含重组序列的58株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系统进化树的一致度却非常高,且与寄生宿主类型基本对应.这表明在不存在重组的情况下,TuMV密码子频率的偏性可能是宿主内的一种选择压力,影响TuMV基因组的点突变进化方向,促使TuMV适应宿主内环境.
現有92株蕪菁花葉病毒(TuMV)的全基因組序列已在GenBank報道,據分析報道其中58株不含重組序列.利用繫統聚類法對92株TuMV的全基因組序列和58株TuMV全基因組序列的相對密碼子頻率RSCU值進行聚類分析.同時利用繫統髮育分析方法分析瞭這92株和58株TuMV全基因組序列.結果髮現,92株蕪菁花葉病毒株的密碼子偏性聚類樹與其繫統進化樹的一緻度很低;而不含重組序列的58株蕪菁花葉病毒株的密碼子偏性聚類樹與其繫統進化樹的一緻度卻非常高,且與寄生宿主類型基本對應.這錶明在不存在重組的情況下,TuMV密碼子頻率的偏性可能是宿主內的一種選擇壓力,影響TuMV基因組的點突變進化方嚮,促使TuMV適應宿主內環境.
현유92주무정화협병독(TuMV)적전기인조서렬이재GenBank보도,거분석보도기중58주불함중조서렬.이용계통취류법대92주TuMV적전기인조서렬화58주TuMV전기인조서렬적상대밀마자빈솔RSCU치진행취류분석.동시이용계통발육분석방법분석료저92주화58주TuMV전기인조서렬.결과발현,92주무정화협병독주적밀마자편성취류수여기계통진화수적일치도흔저;이불함중조서렬적58주무정화협병독주적밀마자편성취류수여기계통진화수적일치도각비상고,차여기생숙주류형기본대응.저표명재불존재중조적정황하,TuMV밀마자빈솔적편성가능시숙주내적일충선택압력,영향TuMV기인조적점돌변진화방향,촉사TuMV괄응숙주내배경.
