生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2011年
2期
146-150,154
,共6页
张林%柴惠%沃立科%袁小凤%黄燕芬
張林%柴惠%沃立科%袁小鳳%黃燕芬
장림%시혜%옥립과%원소봉%황연분
序列比对%动态规划算法%图形硬件
序列比對%動態規劃算法%圖形硬件
서렬비대%동태규화산법%도형경건
生物序列比对是生物信息学的基础,是当今功能基因组学研究中最常用、最重要的研究方法之一.本文对各类序列比对算法优缺点进行分析,对图形硬件的优势进行挖掘.在此基础上,将各类序列比对算法中准确性最高的动态规划算法予以实现,并将其映射到图形硬件上,以实现算法加速.通过实例进行性能评测,结果表明该加速算法在保证比对准确性的同时,能较大地提高比对速度.
生物序列比對是生物信息學的基礎,是噹今功能基因組學研究中最常用、最重要的研究方法之一.本文對各類序列比對算法優缺點進行分析,對圖形硬件的優勢進行挖掘.在此基礎上,將各類序列比對算法中準確性最高的動態規劃算法予以實現,併將其映射到圖形硬件上,以實現算法加速.通過實例進行性能評測,結果錶明該加速算法在保證比對準確性的同時,能較大地提高比對速度.
생물서렬비대시생물신식학적기출,시당금공능기인조학연구중최상용、최중요적연구방법지일.본문대각류서렬비대산법우결점진행분석,대도형경건적우세진행알굴.재차기출상,장각류서렬비대산법중준학성최고적동태규화산법여이실현,병장기영사도도형경건상,이실현산법가속.통과실례진행성능평측,결과표명해가속산법재보증비대준학성적동시,능교대지제고비대속도.
