科学通报
科學通報
과학통보
CHINESE SCIENCE BULLETIN
2006年
3期
316-320
,共5页
王长彪%郭旺珍%蔡彩平%张天真
王長彪%郭旺珍%蔡綵平%張天真
왕장표%곽왕진%채채평%장천진
雷蒙德氏棉%EST-SSRs%分布%分子标记%多态性
雷矇德氏棉%EST-SSRs%分佈%分子標記%多態性
뢰몽덕씨면%EST-SSRs%분포%분자표기%다태성
微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)中. 为了在棉花中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学方法对NCBI网上公开的63485条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii Ulbrich) ESTs序列进行EST-SSRs特征分析. 剔除冗余序列,得到非冗余序列58906条. 在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有2620条,共2818个EST-SSRs,EST-SSRs序列的频率是4.45%,平均相隔14.8 kb出现一个SSR. 在1～6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(38.31%),其次是二核苷酸(24.09%)、单核苷酸(23.35%). 对所有的重复基元类型进行统计分析发现,所占比例最大的是A/T(18.67%),其次是AT/TA(14.83%). 在复合型(compound)中发现三核苷酸串联三核苷酸的重复基元出现频率最高,为48.65%. 利用Prime 3 软件,设计了1554对EST-SSRs引物,随机选用300对对本室四倍体作图亲本陆地棉TM-1和海岛棉海7124进行多态性检测,其中129对有多态性,多态性频率为43%. 这些EST-SSRs将有效用于不同棉种间的分布特征比较及染色体定位等方面研究.
微衛星或簡單重複序列(simple sequence repeats,SSR)存在于錶達序列標籤(expressed sequence tags,ESTs)中. 為瞭在棉花中開髮EST-SSR功能性標記,利用生物信息學方法對NCBI網上公開的63485條雷矇德氏棉(Gossypium raimondii Ulbrich) ESTs序列進行EST-SSRs特徵分析. 剔除冗餘序列,得到非冗餘序列58906條. 在非冗餘序列中髮現含不同重複基元SSRs的EST序列有2620條,共2818箇EST-SSRs,EST-SSRs序列的頻率是4.45%,平均相隔14.8 kb齣現一箇SSR. 在1～6 bp的重複基元中,三覈苷痠重複基元的SSRs齣現頻率最高(38.31%),其次是二覈苷痠(24.09%)、單覈苷痠(23.35%). 對所有的重複基元類型進行統計分析髮現,所佔比例最大的是A/T(18.67%),其次是AT/TA(14.83%). 在複閤型(compound)中髮現三覈苷痠串聯三覈苷痠的重複基元齣現頻率最高,為48.65%. 利用Prime 3 軟件,設計瞭1554對EST-SSRs引物,隨機選用300對對本室四倍體作圖親本陸地棉TM-1和海島棉海7124進行多態性檢測,其中129對有多態性,多態性頻率為43%. 這些EST-SSRs將有效用于不同棉種間的分佈特徵比較及染色體定位等方麵研究.
미위성혹간단중복서렬(simple sequence repeats,SSR)존재우표체서렬표첨(expressed sequence tags,ESTs)중. 위료재면화중개발EST-SSR공능성표기,이용생물신식학방법대NCBI망상공개적63485조뢰몽덕씨면(Gossypium raimondii Ulbrich) ESTs서렬진행EST-SSRs특정분석. 척제용여서렬,득도비용여서렬58906조. 재비용여서렬중발현함불동중복기원SSRs적EST서렬유2620조,공2818개EST-SSRs,EST-SSRs서렬적빈솔시4.45%,평균상격14.8 kb출현일개SSR. 재1～6 bp적중복기원중,삼핵감산중복기원적SSRs출현빈솔최고(38.31%),기차시이핵감산(24.09%)、단핵감산(23.35%). 대소유적중복기원류형진행통계분석발현,소점비례최대적시A/T(18.67%),기차시AT/TA(14.83%). 재복합형(compound)중발현삼핵감산천련삼핵감산적중복기원출현빈솔최고,위48.65%. 이용Prime 3 연건,설계료1554대EST-SSRs인물,수궤선용300대대본실사배체작도친본륙지면TM-1화해도면해7124진행다태성검측,기중129대유다태성,다태성빈솔위43%. 저사EST-SSRs장유효용우불동면충간적분포특정비교급염색체정위등방면연구.
