计算机科学
計算機科學
계산궤과학
COMPUTER SCIENCE
2012年
6期
285-288
,共4页
非标记定量%蛋白质组%QuantWiz%GPU%并行计算
非標記定量%蛋白質組%QuantWiz%GPU%併行計算
비표기정량%단백질조%QuantWiz%GPU%병행계산
QuantWiz是一款基于质谱的非标记定量软件,可很好地应用于定量蛋白质组学.实验数据的日益增大,使定量的计算量巨大,耗费时间长.GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力,为定量蛋白质组学这样的计算密集型应用提供了良好的加速方案.对QuantWiz软件做了深入的研究与分析,找到了软件性能的热点模块所在,提出了该软件在GPU上的加速方案——GPU-QuantWiz,并进行了实现.性能测试显示,在Tesla C1060上,该方案的平均加速比达到9.66倍,得到了良好的加速效果.同时,该方案还可以扩展到两块及以上的GPU上,具有良好的可扩展性.
QuantWiz是一款基于質譜的非標記定量軟件,可很好地應用于定量蛋白質組學.實驗數據的日益增大,使定量的計算量巨大,耗費時間長.GPU以幾百GFlops甚至上TFlops的運算能力,為定量蛋白質組學這樣的計算密集型應用提供瞭良好的加速方案.對QuantWiz軟件做瞭深入的研究與分析,找到瞭軟件性能的熱點模塊所在,提齣瞭該軟件在GPU上的加速方案——GPU-QuantWiz,併進行瞭實現.性能測試顯示,在Tesla C1060上,該方案的平均加速比達到9.66倍,得到瞭良好的加速效果.同時,該方案還可以擴展到兩塊及以上的GPU上,具有良好的可擴展性.
QuantWiz시일관기우질보적비표기정량연건,가흔호지응용우정량단백질조학.실험수거적일익증대,사정량적계산량거대,모비시간장.GPU이궤백GFlops심지상TFlops적운산능력,위정량단백질조학저양적계산밀집형응용제공료량호적가속방안.대QuantWiz연건주료심입적연구여분석,조도료연건성능적열점모괴소재,제출료해연건재GPU상적가속방안——GPU-QuantWiz,병진행료실현.성능측시현시,재Tesla C1060상,해방안적평균가속비체도9.66배,득도료량호적가속효과.동시,해방안환가이확전도량괴급이상적GPU상,구유량호적가확전성.
