CAJ | 학술논문

密码子用法可以简介为物种、基因组、基因或序列集中64种密码子的使用方式。密码子用法的可视化为研究样本的密码子用法特征、不同样本间的密码子偏好，提供了1种直观、有效的图形化手段。可基于多种参数的对应分析(CA)法是其中1种重要的可视化方法。在本文中，以果蝇、人类、拟南芥、酿酒酵母、线虫、大肠杆菌、枯草芽孢杆菌及除虫链霉菌8个物种的密码子用法数据为例，通过比较密码子实际出现次数(Number)、密码子用法频率(F1000)、密码子用法分值(Fraction)、相对适应度(RA)与相对同义密码子用法(RSCU)5种参数的可视化结果，得到如下初步结论：(1)不论采用5种参数中的哪1种，65维(一维物种+64维密码子)的数据都可通过CA降维为7维，而此时的累计惯量为100％，即完全还原原数据集中的所有信息；(2)采用密码子平均用法(F1000)是1个较好的选择，其前二维的累计惯量可以达到83.6％，但是基于Fraction可以获得更高的累计惯量，达到85.1％，Number、RSCU次之，在考虑计算量的情况下，选择Number也可以获得失真度较小的结果，RA参数的最低，仅有76.9％。
밀마자용법가이간개위물충、기인조、기인혹서렬집중64충밀마자적사용방식。밀마자용법적가시화위연구양본적밀마자용법특정、불동양본간적밀마자편호，제공료1충직관、유효적도형화수단。가기우다충삼수적대응분석(CA)법시기중1충중요적가시화방법。재본문중，이과승、인류、의남개、양주효모、선충、대장간균、고초아포간균급제충련매균8개물충적밀마자용법수거위례，통과비교밀마자실제출현차수(Number)、밀마자용법빈솔(F1000)、밀마자용법분치(Fraction)、상대괄응도(RA)여상대동의밀마자용법(RSCU)5충삼수적가시화결과，득도여하초보결론：(1)불론채용5충삼수중적나1충，65유(일유물충+64유밀마자)적수거도가통과CA강유위7유，이차시적루계관량위100％，즉완전환원원수거집중적소유신식；(2)채용밀마자평균용법(F1000)시1개교호적선택，기전이유적루계관량가이체도83.6％，단시기우Fraction가이획득경고적루계관량，체도85.1％，Number、RSCU차지，재고필계산량적정황하，선택Number야가이획득실진도교소적결과，RA삼수적최저，부유76.9％。