农业科学与技术(英文版)
農業科學與技術(英文版)
농업과학여기술(영문판)
AGRICULTURAL SCIENCE & TECHNOLOGY
2009年
3期
1-2,6
,共3页
Hapseeker%单倍型%C++%变异位点
Hapseeker%單倍型%C++%變異位點
Hapseeker%단배형%C++%변이위점
Hapseeker%Hapseeker%C++%Variable site
Hapseeker (Haplotypes Seeker),即单倍型搜索者,具有辨别单倍型、统计单倍型频率、发现变异位点等功能.Hapseeker能够在Windows、UNIX/Linux操作系统下跨平台运行,具有操作非常简单、运行速度快和需求电脑配置低等特点.在Windows系统下只需要双击Hapseeker.exe,即可运行并自动保存运算结果;而UNIX/Linux系统下,在终端输入命令./Hapseeker则可运行.Hapseeker被设计用于处理DNA序列或RNA序列,甚至也可对氨基酸序列做类似分析,其输入文件的格式为常用的Fasta格式(序列用Clustal或Mega比对之后另存为Fasta格式即可).读者通过email: pingchen09@gmail.com 联系可以免费获得程序以及详细说明文档,如有需要还可提供源代码.笔者用标准C++语言编写了一个程度--Hapseeker对DNA或RNA序列进行分析.经及复验证,Hapseeker能够鉴定单倍型并统计每种单倍型的频率,快速找出变异位点,具有操作简单、运行速度快,结果准确可靠的优点.
Hapseeker (Haplotypes Seeker),即單倍型搜索者,具有辨彆單倍型、統計單倍型頻率、髮現變異位點等功能.Hapseeker能夠在Windows、UNIX/Linux操作繫統下跨平檯運行,具有操作非常簡單、運行速度快和需求電腦配置低等特點.在Windows繫統下隻需要雙擊Hapseeker.exe,即可運行併自動保存運算結果;而UNIX/Linux繫統下,在終耑輸入命令./Hapseeker則可運行.Hapseeker被設計用于處理DNA序列或RNA序列,甚至也可對氨基痠序列做類似分析,其輸入文件的格式為常用的Fasta格式(序列用Clustal或Mega比對之後另存為Fasta格式即可).讀者通過email: pingchen09@gmail.com 聯繫可以免費穫得程序以及詳細說明文檔,如有需要還可提供源代碼.筆者用標準C++語言編寫瞭一箇程度--Hapseeker對DNA或RNA序列進行分析.經及複驗證,Hapseeker能夠鑒定單倍型併統計每種單倍型的頻率,快速找齣變異位點,具有操作簡單、運行速度快,結果準確可靠的優點.
Hapseeker (Haplotypes Seeker),즉단배형수색자,구유변별단배형、통계단배형빈솔、발현변이위점등공능.Hapseeker능구재Windows、UNIX/Linux조작계통하과평태운행,구유조작비상간단、운행속도쾌화수구전뇌배치저등특점.재Windows계통하지수요쌍격Hapseeker.exe,즉가운행병자동보존운산결과;이UNIX/Linux계통하,재종단수입명령./Hapseeker칙가운행.Hapseeker피설계용우처리DNA서렬혹RNA서렬,심지야가대안기산서렬주유사분석,기수입문건적격식위상용적Fasta격식(서렬용Clustal혹Mega비대지후령존위Fasta격식즉가).독자통과email: pingchen09@gmail.com 련계가이면비획득정서이급상세설명문당,여유수요환가제공원대마.필자용표준C++어언편사료일개정도--Hapseeker대DNA혹RNA서렬진행분석.경급복험증,Hapseeker능구감정단배형병통계매충단배형적빈솔,쾌속조출변이위점,구유조작간단、운행속도쾌,결과준학가고적우점.
The C++ program: Hapseeker was developed to analyze DNA or RNA sequence, besides, Hapseeker could be used to identify haplotype, calculate frequency of each haplotype as well as find variable site quickly. Moreover, Hapseeker had many advantages such as simple operation, rapid running speed and high accuracy.
