化学研究
化學研究
화학연구
CHEMICAL RESEARCHES
2008年
4期
56-59,63
,共5页
分子动力学%γ-环糊精%波尼松龙%包合物
分子動力學%γ-環糊精%波尼鬆龍%包閤物
분자동역학%γ-배호정%파니송룡%포합물
运用分子动力学(Molecular dynamics,MD)和MM-PBSA(molecular mechanics/Poisson Boltzmann surface area)相结合的方法预测了γ-环糊精(γ-cyclodextrin,γ-CD)和波尼松龙的包结模式.在MD模拟过程中,波尼松龙分别采用A环和D环两种取向从γ-CD大口端进入其空腔.在MD轨迹采样基础上,采用高效MM-PBSA方法计算了两种取向的包结自由能.结果表明,计算包结自由能值和实验包结自由能值非常吻合.进一步分析各个能量项,发现范德华相互作用能为包结的主要驱动力.通过比较两种取向的包结自由能大小,预测D环取向为优势包结模式.
運用分子動力學(Molecular dynamics,MD)和MM-PBSA(molecular mechanics/Poisson Boltzmann surface area)相結閤的方法預測瞭γ-環糊精(γ-cyclodextrin,γ-CD)和波尼鬆龍的包結模式.在MD模擬過程中,波尼鬆龍分彆採用A環和D環兩種取嚮從γ-CD大口耑進入其空腔.在MD軌跡採樣基礎上,採用高效MM-PBSA方法計算瞭兩種取嚮的包結自由能.結果錶明,計算包結自由能值和實驗包結自由能值非常吻閤.進一步分析各箇能量項,髮現範德華相互作用能為包結的主要驅動力.通過比較兩種取嚮的包結自由能大小,預測D環取嚮為優勢包結模式.
운용분자동역학(Molecular dynamics,MD)화MM-PBSA(molecular mechanics/Poisson Boltzmann surface area)상결합적방법예측료γ-배호정(γ-cyclodextrin,γ-CD)화파니송룡적포결모식.재MD모의과정중,파니송룡분별채용A배화D배량충취향종γ-CD대구단진입기공강.재MD궤적채양기출상,채용고효MM-PBSA방법계산료량충취향적포결자유능.결과표명,계산포결자유능치화실험포결자유능치비상문합.진일보분석각개능량항,발현범덕화상호작용능위포결적주요구동력.통과비교량충취향적포결자유능대소,예측D배취향위우세포결모식.
