作物学报
作物學報
작물학보
ACTA AGRONOMICA SINICA
2008年
2期
217-223
,共7页
Mapmaker/Exp(3.0)%遗传连锁图谱%作图技术%标记分群%标记排序
Mapmaker/Exp(3.0)%遺傳連鎖圖譜%作圖技術%標記分群%標記排序
Mapmaker/Exp(3.0)%유전련쇄도보%작도기술%표기분군%표기배서
Mapmaker/Exp(3.0)是国内外广泛使用的遗传连锁数据分析软件,在分子标记数量大时(多于500个)往往出现所绘制连锁图谱图距偏大的现象.本文从标记分群和标记排序两个遗传作图环节分析原因并概括出以下两个实施要点:(1)标记分群不应强求同一LOD值,对特殊的连锁群可试用不同LOD值;(2)在标记排序时,一次order命令后用ripple命令反复梳理有时并不能获得最佳排列顺序,而应多次使用order,每次order后用ripple反复梳理,经反复比较才能得出最佳排列顺序,必要时还须结合人工调整.通过大豆遗传作图实例比较了软件推荐思路2的通常用法和作者建议的新用法所构建的遗传图谱及相应QTL定位的差异,认为新用法具有更好的效果.
Mapmaker/Exp(3.0)是國內外廣汎使用的遺傳連鎖數據分析軟件,在分子標記數量大時(多于500箇)往往齣現所繪製連鎖圖譜圖距偏大的現象.本文從標記分群和標記排序兩箇遺傳作圖環節分析原因併概括齣以下兩箇實施要點:(1)標記分群不應彊求同一LOD值,對特殊的連鎖群可試用不同LOD值;(2)在標記排序時,一次order命令後用ripple命令反複梳理有時併不能穫得最佳排列順序,而應多次使用order,每次order後用ripple反複梳理,經反複比較纔能得齣最佳排列順序,必要時還鬚結閤人工調整.通過大豆遺傳作圖實例比較瞭軟件推薦思路2的通常用法和作者建議的新用法所構建的遺傳圖譜及相應QTL定位的差異,認為新用法具有更好的效果.
Mapmaker/Exp(3.0)시국내외엄범사용적유전련쇄수거분석연건,재분자표기수량대시(다우500개)왕왕출현소회제련쇄도보도거편대적현상.본문종표기분군화표기배서량개유전작도배절분석원인병개괄출이하량개실시요점:(1)표기분군불응강구동일LOD치,대특수적련쇄군가시용불동LOD치;(2)재표기배서시,일차order명령후용ripple명령반복소리유시병불능획득최가배렬순서,이응다차사용order,매차order후용ripple반복소리,경반복비교재능득출최가배렬순서,필요시환수결합인공조정.통과대두유전작도실례비교료연건추천사로2적통상용법화작자건의적신용법소구건적유전도보급상응QTL정위적차이,인위신용법구유경호적효과.
