水生生物学报
水生生物學報
수생생물학보
ACTA HYDROBIOLOGICA SINICA
2011年
5期
753-760
,共8页
孙典巧%孙悦娜%王日昕%徐田军
孫典巧%孫悅娜%王日昕%徐田軍
손전교%손열나%왕일흔%서전군
鮸鱼%EST-SSR%重复类型%分布特征%多态性
鮸魚%EST-SSR%重複類型%分佈特徵%多態性
면어%EST-SSR%중복류형%분포특정%다태성
为大规模发掘和利用I型微卫星标记,通过建立全长均一化cDNA文库和随机序列测定,对鮸鱼转录基因组进行较大规模的微卫星序列特征分析和初步筛选.研究从4609条高质量ESTs中筛选到382条微卫星序列,筛出率为8.29%,平均每318 bp的ESTs中就有一段不小于14 bp的微卫星序列.筛选到的微卫星全部在低拷贝区间,且重复类型丰富,其中,二核苷酸和三核苷酸重复类型出现频率较高,分别占微卫星总序列的37.43%和32.98%.这两种类型的微卫星序列占到所有微卫星序列数目的70.41%,而每种重复类型中的优势拷贝类型又存在差异,两核苷酸微卫星中AC型含量最高,达到75.4%；三核苷酸重复的优势重复类型是A、G组合的基元重复类型(AAG和AGG),占三核苷酸类型的44.75%.根据设计的45对引物的多态检测,在可以扩增的33对引物中筛选到9个多态位点,多态位点的比例达到20%.这表明黑鮸EST-SSR中的多态位点比较丰富,适于进行大规模EST-SSR多态标记的筛选.以上结果为近缘物种间的微卫星分布频率和丰度的比较、鮸鱼及近缘物种可用I型微卫星标记开发等工作提供基础和分析平台.
為大規模髮掘和利用I型微衛星標記,通過建立全長均一化cDNA文庫和隨機序列測定,對鮸魚轉錄基因組進行較大規模的微衛星序列特徵分析和初步篩選.研究從4609條高質量ESTs中篩選到382條微衛星序列,篩齣率為8.29%,平均每318 bp的ESTs中就有一段不小于14 bp的微衛星序列.篩選到的微衛星全部在低拷貝區間,且重複類型豐富,其中,二覈苷痠和三覈苷痠重複類型齣現頻率較高,分彆佔微衛星總序列的37.43%和32.98%.這兩種類型的微衛星序列佔到所有微衛星序列數目的70.41%,而每種重複類型中的優勢拷貝類型又存在差異,兩覈苷痠微衛星中AC型含量最高,達到75.4%；三覈苷痠重複的優勢重複類型是A、G組閤的基元重複類型(AAG和AGG),佔三覈苷痠類型的44.75%.根據設計的45對引物的多態檢測,在可以擴增的33對引物中篩選到9箇多態位點,多態位點的比例達到20%.這錶明黑鮸EST-SSR中的多態位點比較豐富,適于進行大規模EST-SSR多態標記的篩選.以上結果為近緣物種間的微衛星分佈頻率和豐度的比較、鮸魚及近緣物種可用I型微衛星標記開髮等工作提供基礎和分析平檯.
위대규모발굴화이용I형미위성표기,통과건립전장균일화cDNA문고화수궤서렬측정,대면어전록기인조진행교대규모적미위성서렬특정분석화초보사선.연구종4609조고질량ESTs중사선도382조미위성서렬,사출솔위8.29%,평균매318 bp적ESTs중취유일단불소우14 bp적미위성서렬.사선도적미위성전부재저고패구간,차중복류형봉부,기중,이핵감산화삼핵감산중복류형출현빈솔교고,분별점미위성총서렬적37.43%화32.98%.저량충류형적미위성서렬점도소유미위성서렬수목적70.41%,이매충중복류형중적우세고패류형우존재차이,량핵감산미위성중AC형함량최고,체도75.4%；삼핵감산중복적우세중복류형시A、G조합적기원중복류형(AAG화AGG),점삼핵감산류형적44.75%.근거설계적45대인물적다태검측,재가이확증적33대인물중사선도9개다태위점,다태위점적비례체도20%.저표명흑면EST-SSR중적다태위점비교봉부,괄우진행대규모EST-SSR다태표기적사선.이상결과위근연물충간적미위성분포빈솔화봉도적비교、면어급근연물충가용I형미위성표기개발등공작제공기출화분석평태.
