计算机与应用化学
計算機與應用化學
계산궤여응용화학
COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY
2012年
2期
169-174
,共6页
朱金莲%何佳%何华%谭树华%何小梅%Chuong Pham-Huy
硃金蓮%何佳%何華%譚樹華%何小梅%Chuong Pham-Huy
주금련%하가%하화%담수화%하소매%Chuong Pham-Huy
树状大分子%布洛芬%分子动力学%分子对接
樹狀大分子%佈洛芬%分子動力學%分子對接
수상대분자%포락분%분자동역학%분자대접
采用分子对接和分子动力学(MD)的模拟方法研究了第四代羟基为末端基团的树状大分子( PAMAM-G4-OH)与布洛芬的相互作用机理并对形成的复合物稳定性进行研究,结果发现:布洛芬插入PAMAM-G4-OH树状大分子空穴,羧基基团靠近核心；对接过程中分子间的范德华力和分子间的氢键贡献很大；将复合物体系进行2000 ps的MD模拟,发现前1000 ps体系的势能、总能量和RMSD值持续下降趋于平衡,最后分别在-1639 kcal/mol～-1701 kcal/mol,-457.009 kcal/mol ～-475.809 kcal/mol,0.487 (A)～ 0.607 (A)范围内波动；复合物的结构起先较松散,经过2000 ps的模拟后逐渐紧凑.结论:树状大分子(PAMAM-G4-OH)与布洛芬主要作用力主为静电力,该静电力主要由布洛芬的羧基去质子化后形成的负电离子和树状大分子内部碱性的叔胺离子产生的;经过2000 ps的分子动力学模拟后,该体系达到了稳定状态.
採用分子對接和分子動力學(MD)的模擬方法研究瞭第四代羥基為末耑基糰的樹狀大分子( PAMAM-G4-OH)與佈洛芬的相互作用機理併對形成的複閤物穩定性進行研究,結果髮現:佈洛芬插入PAMAM-G4-OH樹狀大分子空穴,羧基基糰靠近覈心；對接過程中分子間的範德華力和分子間的氫鍵貢獻很大；將複閤物體繫進行2000 ps的MD模擬,髮現前1000 ps體繫的勢能、總能量和RMSD值持續下降趨于平衡,最後分彆在-1639 kcal/mol～-1701 kcal/mol,-457.009 kcal/mol ～-475.809 kcal/mol,0.487 (A)～ 0.607 (A)範圍內波動；複閤物的結構起先較鬆散,經過2000 ps的模擬後逐漸緊湊.結論:樹狀大分子(PAMAM-G4-OH)與佈洛芬主要作用力主為靜電力,該靜電力主要由佈洛芬的羧基去質子化後形成的負電離子和樹狀大分子內部堿性的叔胺離子產生的;經過2000 ps的分子動力學模擬後,該體繫達到瞭穩定狀態.
채용분자대접화분자동역학(MD)적모의방법연구료제사대간기위말단기단적수상대분자( PAMAM-G4-OH)여포락분적상호작용궤리병대형성적복합물은정성진행연구,결과발현:포락분삽입PAMAM-G4-OH수상대분자공혈,최기기단고근핵심；대접과정중분자간적범덕화력화분자간적경건공헌흔대；장복합물체계진행2000 ps적MD모의,발현전1000 ps체계적세능、총능량화RMSD치지속하강추우평형,최후분별재-1639 kcal/mol～-1701 kcal/mol,-457.009 kcal/mol ～-475.809 kcal/mol,0.487 (A)～ 0.607 (A)범위내파동；복합물적결구기선교송산,경과2000 ps적모의후축점긴주.결론:수상대분자(PAMAM-G4-OH)여포락분주요작용력주위정전력,해정전력주요유포락분적최기거질자화후형성적부전리자화수상대분자내부감성적숙알리자산생적;경과2000 ps적분자동역학모의후,해체계체도료은정상태.
