计算机应用与软件
計算機應用與軟件
계산궤응용여연건
COMPUTER APPLICATIONS AND SOFTWARE
2009年
8期
10-13
,共4页
杨旭智%石建涛%韩蓓蓓%王萍%王健%张济%王侃侃
楊旭智%石建濤%韓蓓蓓%王萍%王健%張濟%王侃侃
양욱지%석건도%한배배%왕평%왕건%장제%왕간간
ChIP-on-chip%并行计算%系统监控
ChIP-on-chip%併行計算%繫統鑑控
ChIP-on-chip%병행계산%계통감공
随着"后基因组时代"的到来以及各种高通量组学技术的发展,ChIP-on-chip这一新兴的研究细胞内蛋白质与全基因组DNA之间调控机制的实验技术已逐渐成熟并推广.然而由此产生的海量数据也给生物学意义的整合与数据挖掘带来了严峻的挑战.针对ChIP-on-chip得到的高通量原始实验数据,探索如何更有效地开展研究工作,实现了由分析模块、监控模块、并行框架三个模块构建的自适应并行计算系统.系统能非独占式地充分利用计算机资源计算,自动生成富集的DNA序列片段并将其映射到基因组用于后续分析;可比较分析多次实验以评估实验条件、分析不同转录因子之间的协同作用等;其包含的监控模块、并行框架很容易移植入其他开发过程.
隨著"後基因組時代"的到來以及各種高通量組學技術的髮展,ChIP-on-chip這一新興的研究細胞內蛋白質與全基因組DNA之間調控機製的實驗技術已逐漸成熟併推廣.然而由此產生的海量數據也給生物學意義的整閤與數據挖掘帶來瞭嚴峻的挑戰.針對ChIP-on-chip得到的高通量原始實驗數據,探索如何更有效地開展研究工作,實現瞭由分析模塊、鑑控模塊、併行框架三箇模塊構建的自適應併行計算繫統.繫統能非獨佔式地充分利用計算機資源計算,自動生成富集的DNA序列片段併將其映射到基因組用于後續分析;可比較分析多次實驗以評估實驗條件、分析不同轉錄因子之間的協同作用等;其包含的鑑控模塊、併行框架很容易移植入其他開髮過程.
수착"후기인조시대"적도래이급각충고통량조학기술적발전,ChIP-on-chip저일신흥적연구세포내단백질여전기인조DNA지간조공궤제적실험기술이축점성숙병추엄.연이유차산생적해량수거야급생물학의의적정합여수거알굴대래료엄준적도전.침대ChIP-on-chip득도적고통량원시실험수거,탐색여하경유효지개전연구공작,실현료유분석모괴、감공모괴、병행광가삼개모괴구건적자괄응병행계산계통.계통능비독점식지충분이용계산궤자원계산,자동생성부집적DNA서렬편단병장기영사도기인조용우후속분석;가비교분석다차실험이평고실험조건、분석불동전록인자지간적협동작용등;기포함적감공모괴、병행광가흔용역이식입기타개발과정.
