中国农业科学
中國農業科學
중국농업과학
SCIENTIA AGRICULTURA SINICA
2006年
12期
2474-2482
,共9页
陈继圣%郑士琴%郑武%周洁%鲁国东%王宗华
陳繼聖%鄭士琴%鄭武%週潔%魯國東%王宗華
진계골%정사금%정무%주길%로국동%왕종화
稻瘟菌%分泌蛋白%信号肽%预测程序
稻瘟菌%分泌蛋白%信號肽%預測程序
도온균%분비단백%신호태%예측정서
[目的]分泌蛋白多为病原微生物与植物受体蛋白起作用的激发子和其它致病因子,深入研究分泌蛋白将有助于明确植物与病原微生物互作的分子机制.利用稻瘟菌基因组学研究成果,结合计算机技术和生物信息学的方法,分析其分泌蛋白组学,将有助于全面掌握其致病因子的结构与功能.[方法]利用SignalP对稻瘟菌基因库中所有ORF的N-端信号肽存在与否进行预测,再依次通过Protcomp、TMHMM、big-PI Predictor和TargetP预测程序进行验证,寻找出所有可编码信号肽的基因.[结果]对11 108个稻瘟菌的ORF进行分析,最终预测出共有1 235个ORF可编码分泌蛋白.[结论]经验证此预测方法之可靠性较高,这为深入研究分泌蛋白组学奠定了基础.
[目的]分泌蛋白多為病原微生物與植物受體蛋白起作用的激髮子和其它緻病因子,深入研究分泌蛋白將有助于明確植物與病原微生物互作的分子機製.利用稻瘟菌基因組學研究成果,結閤計算機技術和生物信息學的方法,分析其分泌蛋白組學,將有助于全麵掌握其緻病因子的結構與功能.[方法]利用SignalP對稻瘟菌基因庫中所有ORF的N-耑信號肽存在與否進行預測,再依次通過Protcomp、TMHMM、big-PI Predictor和TargetP預測程序進行驗證,尋找齣所有可編碼信號肽的基因.[結果]對11 108箇稻瘟菌的ORF進行分析,最終預測齣共有1 235箇ORF可編碼分泌蛋白.[結論]經驗證此預測方法之可靠性較高,這為深入研究分泌蛋白組學奠定瞭基礎.
[목적]분비단백다위병원미생물여식물수체단백기작용적격발자화기타치병인자,심입연구분비단백장유조우명학식물여병원미생물호작적분자궤제.이용도온균기인조학연구성과,결합계산궤기술화생물신식학적방법,분석기분비단백조학,장유조우전면장악기치병인자적결구여공능.[방법]이용SignalP대도온균기인고중소유ORF적N-단신호태존재여부진행예측,재의차통과Protcomp、TMHMM、big-PI Predictor화TargetP예측정서진행험증,심조출소유가편마신호태적기인.[결과]대11 108개도온균적ORF진행분석,최종예측출공유1 235개ORF가편마분비단백.[결론]경험증차예측방법지가고성교고,저위심입연구분비단백조학전정료기출.
