植物病理学报
植物病理學報
식물병이학보
ACTA PHYTOPATHOLOGICA SINICA
2010年
5期
522-529
,共8页
牟海青%赵文军%邓中亮%朱水芳
牟海青%趙文軍%鄧中亮%硃水芳
모해청%조문군%산중량%주수방
植原体%分类%RFLP图谱%聚类分析软件
植原體%分類%RFLP圖譜%聚類分析軟件
식원체%분류%RFLP도보%취류분석연건
植原体是一类寄生于植物韧皮部的原核生物.目前国际上主要根据植原体16S rDNA RFLP图谱的比对进行分类及鉴定.传统的PCR-RFLP试验步骤繁琐、重复性差,误差大,尤其在检测鉴定大量植原体病原时,耗时、耗力.通过对目前已公布的全部植原体16S rDNA序列进行比对整理,并生成16S rDNA RFLP电子指纹图谱库.在此基础上开发了指纹图谱分析软件DNA-FP Cluster1.0.该软件可基于序列或图谱形式进行比对,并自动输出比对结果.结果旱现形式为3种:即一种16S rDNA RFLP图谱与多种图谱间相似性分析;多种16S rDNA RFLP图谱间相似性分析;16S rDNA RFLP图谱间相似度树状图.该软件在不需要酶切试验操作的情况下实现了对植原体的快速分类与鉴定,并解决了因植原体材料不全而无法进行植原体酶切后比对的难题,为今后植原体候选种内的细化分类提供了方法与工具.
植原體是一類寄生于植物韌皮部的原覈生物.目前國際上主要根據植原體16S rDNA RFLP圖譜的比對進行分類及鑒定.傳統的PCR-RFLP試驗步驟繁瑣、重複性差,誤差大,尤其在檢測鑒定大量植原體病原時,耗時、耗力.通過對目前已公佈的全部植原體16S rDNA序列進行比對整理,併生成16S rDNA RFLP電子指紋圖譜庫.在此基礎上開髮瞭指紋圖譜分析軟件DNA-FP Cluster1.0.該軟件可基于序列或圖譜形式進行比對,併自動輸齣比對結果.結果旱現形式為3種:即一種16S rDNA RFLP圖譜與多種圖譜間相似性分析;多種16S rDNA RFLP圖譜間相似性分析;16S rDNA RFLP圖譜間相似度樹狀圖.該軟件在不需要酶切試驗操作的情況下實現瞭對植原體的快速分類與鑒定,併解決瞭因植原體材料不全而無法進行植原體酶切後比對的難題,為今後植原體候選種內的細化分類提供瞭方法與工具.
식원체시일류기생우식물인피부적원핵생물.목전국제상주요근거식원체16S rDNA RFLP도보적비대진행분류급감정.전통적PCR-RFLP시험보취번쇄、중복성차,오차대,우기재검측감정대량식원체병원시,모시、모력.통과대목전이공포적전부식원체16S rDNA서렬진행비대정리,병생성16S rDNA RFLP전자지문도보고.재차기출상개발료지문도보분석연건DNA-FP Cluster1.0.해연건가기우서렬혹도보형식진행비대,병자동수출비대결과.결과한현형식위3충:즉일충16S rDNA RFLP도보여다충도보간상사성분석;다충16S rDNA RFLP도보간상사성분석;16S rDNA RFLP도보간상사도수상도.해연건재불수요매절시험조작적정황하실현료대식원체적쾌속분류여감정,병해결료인식원체재료불전이무법진행식원체매절후비대적난제,위금후식원체후선충내적세화분류제공료방법여공구.
