CAJ | 학술논문

CC趋化因子(CC Chemokine)是一类能够促进动物体内炎症部位的各种白细胞的补充、激活和黏附的趋化性细胞因子家族,是鱼类天然免疫系统的重要组成部分.趋化因子也是当今国际鱼类分子免疫学研究的热点之一.本研究通过比较基因组学和生物信息学的方法,分析了虹鳟(Oncorhynchus mykiss)、牙鲆(Paralichthys olivaceus)和斑点叉尾(鱼回)(Ictalurus punctatus)等重要经济鱼类的CC趋化因子基因结构特点和功能,并采用Clustal X的NJ法对所有新的CC趋化因子和先前发表的鱼类趋化因子与其他动物的CC趋化因子进行系统进化分析,建立了3个独特的包含非鱼类CC趋化因子的直向进化同源组.第1个直向进化同源组建立于人的CCL27和CCL28,有丽鱼科(Cichlidae)Melanochromisauratus和Paralabidochromis chilotes的SCYA101、SCYA101a、大西洋鲑(Salmo salar)的CB510320、斑马鱼(Danio rerio)的BI839410、虹鳟的CK11、斑点叉尾(鱼回)的BM027974和BM029630;第2个直向进化同源组是以人类CCL20建立的,包括虹鳟的CK8a、CK8b、斑点叉尾(鱼回)的SCYA112和鸡(Gallus gallus)AAK84434,其中鸡的序列与人的CCL20最相近(与其他鱼类CC趋化因子相比);第3个直向进化同源组是以鸡的XP-424980和蓝(鱼回)(Ictalurus furcatus)的SCYA109建立的.所有其他鱼类CC趋化因子都没有归类到非鱼类CC趋化因子的同源组中.为了进一步分析鱼类CC趋化因子和哺乳类CC趋化因子间的关系,采用Clustal W的非自举检验(Bootstrapping)启发式搜索(heuristic search)比对法对这些CC趋化因子进行归类分析,结果得到7个潜在的直向进化同源组,包括含有4个鱼类CC趋化因子的CCL20直向进化同源组、5个鱼类CC趋化因子的CCL24直向进化同源组、8个鱼类CC趋化因子的CCL22直向进化同源组、4个鱼类CC趋化因子的CCL17直向进化同源组、15个鱼类CC趋化因子的CCL25直向进化同源组,7个鱼类CC趋化因子的CCL27/CCL28和17个鱼类CC趋化因子的CCL19/CCL21直向进化同源组.趋化因子的研究将有助于更好地了解鱼类抗病性与天然免疫性的关系. CC趨化因子(CC Chemokine)是一類能夠促進動物體內炎癥部位的各種白細胞的補充、激活和黏附的趨化性細胞因子傢族,是魚類天然免疫繫統的重要組成部分.趨化因子也是噹今國際魚類分子免疫學研究的熱點之一.本研究通過比較基因組學和生物信息學的方法,分析瞭虹鱒(Oncorhynchus mykiss)、牙鲆(Paralichthys olivaceus)和斑點扠尾(魚迴)(Ictalurus punctatus)等重要經濟魚類的CC趨化因子基因結構特點和功能,併採用Clustal X的NJ法對所有新的CC趨化因子和先前髮錶的魚類趨化因子與其他動物的CC趨化因子進行繫統進化分析,建立瞭3箇獨特的包含非魚類CC趨化因子的直嚮進化同源組.第1箇直嚮進化同源組建立于人的CCL27和CCL28,有麗魚科(Cichlidae)Melanochromisauratus和Paralabidochromis chilotes的SCYA101、SCYA101a、大西洋鮭(Salmo salar)的CB510320、斑馬魚(Danio rerio)的BI839410、虹鱒的CK11、斑點扠尾(魚迴)的BM027974和BM029630;第2箇直嚮進化同源組是以人類CCL20建立的,包括虹鱒的CK8a、CK8b、斑點扠尾(魚迴)的SCYA112和鷄(Gallus gallus)AAK84434,其中鷄的序列與人的CCL20最相近(與其他魚類CC趨化因子相比);第3箇直嚮進化同源組是以鷄的XP-424980和藍(魚迴)(Ictalurus furcatus)的SCYA109建立的.所有其他魚類CC趨化因子都沒有歸類到非魚類CC趨化因子的同源組中.為瞭進一步分析魚類CC趨化因子和哺乳類CC趨化因子間的關繫,採用Clustal W的非自舉檢驗(Bootstrapping)啟髮式搜索(heuristic search)比對法對這些CC趨化因子進行歸類分析,結果得到7箇潛在的直嚮進化同源組,包括含有4箇魚類CC趨化因子的CCL20直嚮進化同源組、5箇魚類CC趨化因子的CCL24直嚮進化同源組、8箇魚類CC趨化因子的CCL22直嚮進化同源組、4箇魚類CC趨化因子的CCL17直嚮進化同源組、15箇魚類CC趨化因子的CCL25直嚮進化同源組,7箇魚類CC趨化因子的CCL27/CCL28和17箇魚類CC趨化因子的CCL19/CCL21直嚮進化同源組.趨化因子的研究將有助于更好地瞭解魚類抗病性與天然免疫性的關繫.
CC추화인자(CC Chemokine)시일류능구촉진동물체내염증부위적각충백세포적보충、격활화점부적추화성세포인자가족,시어류천연면역계통적중요조성부분.추화인자야시당금국제어류분자면역학연구적열점지일.본연구통과비교기인조학화생물신식학적방법,분석료홍준(Oncorhynchus mykiss)、아평(Paralichthys olivaceus)화반점차미(어회)(Ictalurus punctatus)등중요경제어류적CC추화인자기인결구특점화공능,병채용Clustal X적NJ법대소유신적CC추화인자화선전발표적어류추화인자여기타동물적CC추화인자진행계통진화분석,건립료3개독특적포함비어류CC추화인자적직향진화동원조.제1개직향진화동원조건립우인적CCL27화CCL28,유려어과(Cichlidae)Melanochromisauratus화Paralabidochromis chilotes적SCYA101、SCYA101a、대서양해(Salmo salar)적CB510320、반마어(Danio rerio)적BI839410、홍준적CK11、반점차미(어회)적BM027974화BM029630;제2개직향진화동원조시이인류CCL20건립적,포괄홍준적CK8a、CK8b、반점차미(어회)적SCYA112화계(Gallus gallus)AAK84434,기중계적서렬여인적CCL20최상근(여기타어류CC추화인자상비);제3개직향진화동원조시이계적XP-424980화람(어회)(Ictalurus furcatus)적SCYA109건립적.소유기타어류CC추화인자도몰유귀류도비어류CC추화인자적동원조중.위료진일보분석어류CC추화인자화포유류CC추화인자간적관계,채용Clustal W적비자거검험(Bootstrapping)계발식수색(heuristic search)비대법대저사CC추화인자진행귀류분석,결과득도7개잠재적직향진화동원조,포괄함유4개어류CC추화인자적CCL20직향진화동원조、5개어류CC추화인자적CCL24직향진화동원조、8개어류CC추화인자적CCL22직향진화동원조、4개어류CC추화인자적CCL17직향진화동원조、15개어류CC추화인자적CCL25직향진화동원조,7개어류CC추화인자적CCL27/CCL28화17개어류CC추화인자적CCL19/CCL21직향진화동원조.추화인자적연구장유조우경호지료해어류항병성여천연면역성적관계.