物理化学学报
物理化學學報
물이화학학보
ACTA PHYSICO-CHIMICA SINICA
2011年
5期
1223-1231
,共9页
樊迪%刘振明%金宏威%张亮仁
樊迪%劉振明%金宏威%張亮仁
번적%류진명%금굉위%장량인
辅酶A%蛋白质分类%结合模式%聚类分析%泛酰巯基乙胺链
輔酶A%蛋白質分類%結閤模式%聚類分析%汎酰巰基乙胺鏈
보매A%단백질분류%결합모식%취류분석%범선구기을알련
发展了一种基于分子相互识别的蛋白质分类方法,应用数据挖掘策略与统计学聚类,根据辅酶A(coenzyme-A,CoA)结合蛋白的结合模式特征数据,通过对比和分析多种分类方法对该体系的分类准确度,对这类体内重要的蛋白进行了分类方法学研究,选择了最优的两步聚类法.本研究工作设计和建立了一个分类参数,可以简洁有效地评价出各个结合特征的显著性与重要性,并以此为依据从所有特征中筛选出决定性的特征变量.研究结果所得到的CoA结合蛋白的三个分类,都具有显著的氢键与疏水结合特征;CoA可以与多个生物活性关键氨基酸残基形成氢键作用.这些相互作用的共性及分类上的差异,说明了配体与不同受体相互作用过程中结合模式上的细微差别,对于以CoA结合蛋白为靶点的选择性调控分子设计具有重要的参考意义与指导作用.
髮展瞭一種基于分子相互識彆的蛋白質分類方法,應用數據挖掘策略與統計學聚類,根據輔酶A(coenzyme-A,CoA)結閤蛋白的結閤模式特徵數據,通過對比和分析多種分類方法對該體繫的分類準確度,對這類體內重要的蛋白進行瞭分類方法學研究,選擇瞭最優的兩步聚類法.本研究工作設計和建立瞭一箇分類參數,可以簡潔有效地評價齣各箇結閤特徵的顯著性與重要性,併以此為依據從所有特徵中篩選齣決定性的特徵變量.研究結果所得到的CoA結閤蛋白的三箇分類,都具有顯著的氫鍵與疏水結閤特徵;CoA可以與多箇生物活性關鍵氨基痠殘基形成氫鍵作用.這些相互作用的共性及分類上的差異,說明瞭配體與不同受體相互作用過程中結閤模式上的細微差彆,對于以CoA結閤蛋白為靶點的選擇性調控分子設計具有重要的參攷意義與指導作用.
발전료일충기우분자상호식별적단백질분류방법,응용수거알굴책략여통계학취류,근거보매A(coenzyme-A,CoA)결합단백적결합모식특정수거,통과대비화분석다충분류방법대해체계적분류준학도,대저류체내중요적단백진행료분류방법학연구,선택료최우적량보취류법.본연구공작설계화건립료일개분류삼수,가이간길유효지평개출각개결합특정적현저성여중요성,병이차위의거종소유특정중사선출결정성적특정변량.연구결과소득도적CoA결합단백적삼개분류,도구유현저적경건여소수결합특정;CoA가이여다개생물활성관건안기산잔기형성경건작용.저사상호작용적공성급분류상적차이,설명료배체여불동수체상호작용과정중결합모식상적세미차별,대우이CoA결합단백위파점적선택성조공분자설계구유중요적삼고의의여지도작용.