上海大学学报（自然科学版）
上海大學學報（自然科學版）
상해대학학보（자연과학판）
JOURNAL OF SHANGHAI UNIVERSITY (NATURAL SCIENCE EDITION)
2007年
1期
99-104,110
,共7页
郭景康%张祥云%杨旭智%张群业%王健
郭景康%張祥雲%楊旭智%張群業%王健
곽경강%장상운%양욱지%장군업%왕건
生物信息学%数据库整合%批量
生物信息學%數據庫整閤%批量
생물신식학%수거고정합%비량
以DNA微阵列、二维电泳、二维高压液相色谱和质谱等技术为代表的转录组和蛋白质组高通量实验技术,能够产生海量的基因或蛋白质数据,对这些基因或蛋白质的注释是对相关数据进行后期处理的基础和必要条件.海量数据的注释人工难以完成,而目前基因和蛋白质的批量注释网站给出的注释又往往不够全面.在比较常用基因和蛋白质的批量注释网站的基础上,本工作研发了基因和蛋白质的批量注释系统UBROAD(Unified Batch Retriever of Annotation Data),该系统整合了NCBI、Swiss-Prot、BIND、enzyme_expasy、gene2accession和gene2Unigene 6个有关基因和蛋白质的数据源;支持Uniprot/trEMBL AC、Uniprot Entryname、Genbank Protein Accession Number、Genbank mRNA gi、Genbank mRNA Accession Number、Gene name、Gene ID和Unigene ID 8种登录号混合查询;含有各种登录号以及基因或蛋白质的基本信息、功能分类、相互作用共38项注释项供选择;提供微软电子表格形式的注释结果.可以通过访问网页http://www.bioscience.org.cn/ubroad免费使用该系统.
以DNA微陣列、二維電泳、二維高壓液相色譜和質譜等技術為代錶的轉錄組和蛋白質組高通量實驗技術,能夠產生海量的基因或蛋白質數據,對這些基因或蛋白質的註釋是對相關數據進行後期處理的基礎和必要條件.海量數據的註釋人工難以完成,而目前基因和蛋白質的批量註釋網站給齣的註釋又往往不夠全麵.在比較常用基因和蛋白質的批量註釋網站的基礎上,本工作研髮瞭基因和蛋白質的批量註釋繫統UBROAD(Unified Batch Retriever of Annotation Data),該繫統整閤瞭NCBI、Swiss-Prot、BIND、enzyme_expasy、gene2accession和gene2Unigene 6箇有關基因和蛋白質的數據源;支持Uniprot/trEMBL AC、Uniprot Entryname、Genbank Protein Accession Number、Genbank mRNA gi、Genbank mRNA Accession Number、Gene name、Gene ID和Unigene ID 8種登錄號混閤查詢;含有各種登錄號以及基因或蛋白質的基本信息、功能分類、相互作用共38項註釋項供選擇;提供微軟電子錶格形式的註釋結果.可以通過訪問網頁http://www.bioscience.org.cn/ubroad免費使用該繫統.
이DNA미진렬、이유전영、이유고압액상색보화질보등기술위대표적전록조화단백질조고통량실험기술,능구산생해량적기인혹단백질수거,대저사기인혹단백질적주석시대상관수거진행후기처리적기출화필요조건.해량수거적주석인공난이완성,이목전기인화단백질적비량주석망참급출적주석우왕왕불구전면.재비교상용기인화단백질적비량주석망참적기출상,본공작연발료기인화단백질적비량주석계통UBROAD(Unified Batch Retriever of Annotation Data),해계통정합료NCBI、Swiss-Prot、BIND、enzyme_expasy、gene2accession화gene2Unigene 6개유관기인화단백질적수거원;지지Uniprot/trEMBL AC、Uniprot Entryname、Genbank Protein Accession Number、Genbank mRNA gi、Genbank mRNA Accession Number、Gene name、Gene ID화Unigene ID 8충등록호혼합사순;함유각충등록호이급기인혹단백질적기본신식、공능분류、상호작용공38항주석항공선택;제공미연전자표격형식적주석결과.가이통과방문망혈http://www.bioscience.org.cn/ubroad면비사용해계통.
