CAJ | 학술논문

采用3'RACE方法对兔病毒性出血症病毒(RHDV)JX/CHA/97株基因组3'端全序列进行了扩增、克隆和测序,并利用DNAstar和DNAman软件分析了RHDV JX/CHA/97株与各参比毒株3'NCR的序列同源性,用RNA structure软件对3'NCR的二级结构进行了预测和分析.结果表明,所扩增的目的基因片段长1 500 bp,包括部分VP60基因序列、ORF2基因、3'端非编码区(3' Non Coding Region,3' NCR)和poly(A)尾巴,其中3' NCR位于ORF2终止密码子TAG之后,长59 bp,poly(A)至少含有27个A;3'NCR序列具有较高的同源性(93.5%～100%);3' NCR二级结构可以形成2个潜在的茎-环结构(SL1和SL2),其中SL2具有一定的保守性,其形状和形成位置与poly(A)尾巴的长度关系不大,但是SL1的结构和形成位置与poly(A)尾巴的存在与否密切相关,提示poly(A)尾巴与3'NCR高级结构的稳定性以及基因组复制有一定关系.
채용3'RACE방법대토병독성출혈증병독(RHDV)JX/CHA/97주기인조3'단전서렬진행료확증、극륭화측서,병이용DNAstar화DNAman연건분석료RHDV JX/CHA/97주여각삼비독주3'NCR적서렬동원성,용RNA structure연건대3'NCR적이급결구진행료예측화분석.결과표명,소확증적목적기인편단장1 500 bp,포괄부분VP60기인서렬、ORF2기인、3'단비편마구(3' Non Coding Region,3' NCR)화poly(A)미파,기중3' NCR위우ORF2종지밀마자TAG지후,장59 bp,poly(A)지소함유27개A;3'NCR서렬구유교고적동원성(93.5%～100%);3' NCR이급결구가이형성2개잠재적경-배결구(SL1화SL2),기중SL2구유일정적보수성,기형상화형성위치여poly(A)미파적장도관계불대,단시SL1적결구화형성위치여poly(A)미파적존재여부밀절상관,제시poly(A)미파여3'NCR고급결구적은정성이급기인조복제유일정관계.