物理化学学报
物理化學學報
물이화학학보
ACTA PHYSICO-CHIMICA SINICA
2003年
4期
289-292
,共4页
章威%侯廷军%乔学斌%徐筱杰
章威%侯廷軍%喬學斌%徐篠傑
장위%후정군%교학빈%서소걸
水合自由能%溶剂效应%普适波恩 (GB)模型%泊松 玻尔兹曼 (PB)方程
水閤自由能%溶劑效應%普適波恩 (GB)模型%泊鬆 玻爾玆曼 (PB)方程
수합자유능%용제효응%보괄파은 (GB)모형%박송 파이자만 (PB)방정
提出了一套和AMBER力场相匹配的普适波恩模型参数.新的参数集包含21种原子类型的初始半径和屏蔽因子.参数通过遗传算法拟合359个小分子水合自由能的实验值得到.采用新的参数,预测了44个小分子的水合自由能,预测值和实验值能很好地吻合,而且大大优于采用Jayaram参数得到的结果.此外,采用新的参数,还预测了15个蛋白质的水合自由能,预测值和PB/SA预测得到的结果能很好地吻合.
提齣瞭一套和AMBER力場相匹配的普適波恩模型參數.新的參數集包含21種原子類型的初始半徑和屏蔽因子.參數通過遺傳算法擬閤359箇小分子水閤自由能的實驗值得到.採用新的參數,預測瞭44箇小分子的水閤自由能,預測值和實驗值能很好地吻閤,而且大大優于採用Jayaram參數得到的結果.此外,採用新的參數,還預測瞭15箇蛋白質的水閤自由能,預測值和PB/SA預測得到的結果能很好地吻閤.
제출료일투화AMBER력장상필배적보괄파은모형삼수.신적삼수집포함21충원자류형적초시반경화병폐인자.삼수통과유전산법의합359개소분자수합자유능적실험치득도.채용신적삼수,예측료44개소분자적수합자유능,예측치화실험치능흔호지문합,이차대대우우채용Jayaram삼수득도적결과.차외,채용신적삼수,환예측료15개단백질적수합자유능,예측치화PB/SA예측득도적결과능흔호지문합.
