中国抗生素杂志
中國抗生素雜誌
중국항생소잡지
CHINESE JOURNAL OF ANTIBIOTICS
2012年
1期
27-31
,共5页
董国霞%姜威%司书毅%易红%张月琴
董國霞%薑威%司書毅%易紅%張月琴
동국하%강위%사서의%역홍%장월금
肽脱甲酰基酶%虚拟筛选%分子对接%抑酶活性%抗菌活性
肽脫甲酰基酶%虛擬篩選%分子對接%抑酶活性%抗菌活性
태탈갑선기매%허의사선%분자대접%억매활성%항균활성
目的 通过计算机虚拟筛选寻找肽脱甲酰基酶(Peptide deformylase,PDF)的小分子抑制剂.方法 从PDB(Protein Data Bank)数据库中获得与肠球菌(Enteroccous faecium)PDF序列相似性最高的肺炎链球菌PDF的X-射线衍射晶体结构,应用Sybyl7.3软件中的Surflex-Dock对我室微生物天然产物数据库(Microbial Natural Products Database,MNPD)中约15000个样品进行虚拟筛选;采用高通量荧光检测法和微稀释法分别测定虚拟筛选获得的部分高得分化合物对PDF酶的抑制作用和抗菌活性.结果 应用Surflex-Dock虚拟筛选获得得分达5.17及以上的命中化合物651个,经综合分析,挑选出其中5个化合物进行进一步的体外生物学活性研究,结果表明,1个化合物(spergualin)有一定的PDF抑制活性和抗菌活性,其它4个化合物仅有弱活性或无活性.结论 发现化合物spergualin具有一定的PDF抑制活性和抗耐药表皮葡萄球菌活性.证实了计算机虚拟筛选与实物筛选相结合可明显提高PDF酶抑制剂的筛选效率.
目的 通過計算機虛擬篩選尋找肽脫甲酰基酶(Peptide deformylase,PDF)的小分子抑製劑.方法 從PDB(Protein Data Bank)數據庫中穫得與腸毬菌(Enteroccous faecium)PDF序列相似性最高的肺炎鏈毬菌PDF的X-射線衍射晶體結構,應用Sybyl7.3軟件中的Surflex-Dock對我室微生物天然產物數據庫(Microbial Natural Products Database,MNPD)中約15000箇樣品進行虛擬篩選;採用高通量熒光檢測法和微稀釋法分彆測定虛擬篩選穫得的部分高得分化閤物對PDF酶的抑製作用和抗菌活性.結果 應用Surflex-Dock虛擬篩選穫得得分達5.17及以上的命中化閤物651箇,經綜閤分析,挑選齣其中5箇化閤物進行進一步的體外生物學活性研究,結果錶明,1箇化閤物(spergualin)有一定的PDF抑製活性和抗菌活性,其它4箇化閤物僅有弱活性或無活性.結論 髮現化閤物spergualin具有一定的PDF抑製活性和抗耐藥錶皮葡萄毬菌活性.證實瞭計算機虛擬篩選與實物篩選相結閤可明顯提高PDF酶抑製劑的篩選效率.
목적 통과계산궤허의사선심조태탈갑선기매(Peptide deformylase,PDF)적소분자억제제.방법 종PDB(Protein Data Bank)수거고중획득여장구균(Enteroccous faecium)PDF서렬상사성최고적폐염련구균PDF적X-사선연사정체결구,응용Sybyl7.3연건중적Surflex-Dock대아실미생물천연산물수거고(Microbial Natural Products Database,MNPD)중약15000개양품진행허의사선;채용고통량형광검측법화미희석법분별측정허의사선획득적부분고득분화합물대PDF매적억제작용화항균활성.결과 응용Surflex-Dock허의사선획득득분체5.17급이상적명중화합물651개,경종합분석,도선출기중5개화합물진행진일보적체외생물학활성연구,결과표명,1개화합물(spergualin)유일정적PDF억제활성화항균활성,기타4개화합물부유약활성혹무활성.결론 발현화합물spergualin구유일정적PDF억제활성화항내약표피포도구균활성.증실료계산궤허의사선여실물사선상결합가명현제고PDF매억제제적사선효솔.
