中国药科大学学报
中國藥科大學學報
중국약과대학학보
JOURNAL OF CHINA PHARMACEUTICAL UNIVERSITY
2006年
1期
77-82
,共6页
蛋白质结构预测%折叠识别法%Pcons2%聚类分析%CASP
蛋白質結構預測%摺疊識彆法%Pcons2%聚類分析%CASP
단백질결구예측%절첩식별법%Pcons2%취류분석%CASP
在蛋白质天然构象预测中,折叠识别法中一致性预测Pcons2和从头预测法中的Rosetta在CASP5中获得了很大的成功.在Rosetta法中,先用Monte Carlo搜索法产生大量低能量的预测模型,然后依据模型之间相似性分数,用聚类分析法选择质量好的模型.而Pcons2则是基于线性回归来预测模型的质量.人们通常认为Pcons2和聚类分析是两个完全不同的方法.本文通过理论研究和实际数据计算发现:在聚类分析中,模型之间的相似性分数与模型质量存在着较强的线性关系,这也是聚类分析的工作基础.因此,如果不考虑预测模型的来源,聚类分析和Pcons2的基本原理和算法是相同的.据此可以将Pcons2中的优势转移到聚类分析中,为从头预测最终选择较高质量的模型提供一些新途径.
在蛋白質天然構象預測中,摺疊識彆法中一緻性預測Pcons2和從頭預測法中的Rosetta在CASP5中穫得瞭很大的成功.在Rosetta法中,先用Monte Carlo搜索法產生大量低能量的預測模型,然後依據模型之間相似性分數,用聚類分析法選擇質量好的模型.而Pcons2則是基于線性迴歸來預測模型的質量.人們通常認為Pcons2和聚類分析是兩箇完全不同的方法.本文通過理論研究和實際數據計算髮現:在聚類分析中,模型之間的相似性分數與模型質量存在著較彊的線性關繫,這也是聚類分析的工作基礎.因此,如果不攷慮預測模型的來源,聚類分析和Pcons2的基本原理和算法是相同的.據此可以將Pcons2中的優勢轉移到聚類分析中,為從頭預測最終選擇較高質量的模型提供一些新途徑.
재단백질천연구상예측중,절첩식별법중일치성예측Pcons2화종두예측법중적Rosetta재CASP5중획득료흔대적성공.재Rosetta법중,선용Monte Carlo수색법산생대량저능량적예측모형,연후의거모형지간상사성분수,용취류분석법선택질량호적모형.이Pcons2칙시기우선성회귀래예측모형적질량.인문통상인위Pcons2화취류분석시량개완전불동적방법.본문통과이론연구화실제수거계산발현:재취류분석중,모형지간적상사성분수여모형질량존재착교강적선성관계,저야시취류분석적공작기출.인차,여과불고필예측모형적래원,취류분석화Pcons2적기본원리화산법시상동적.거차가이장Pcons2중적우세전이도취류분석중,위종두예측최종선택교고질량적모형제공일사신도경.
