计算机与应用化学
計算機與應用化學
계산궤여응용화학
COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY
2011年
1期
23-26
,共4页
BestCodon 软件%密码子%密码子用法%密码子偏好%生物信息学
BestCodon 軟件%密碼子%密碼子用法%密碼子偏好%生物信息學
BestCodon 연건%밀마자%밀마자용법%밀마자편호%생물신식학
密码子偏好是自然现象,分析密码子的用法可以优化表达基因,即密码子优化,从而调节目的基因在特定宿主中的表达水平.现有密码子用法分析软件多数只限于单个密码子,适用于密码子对和密码子三联体的较少见.本文提出1种可统计任意密码子用法的软件结构,开发出1个密码子用法统计软件"BestCodon",拥有序列检查和密码子用法统计2个模块.检查模块可代替人工校对,剔除输入序列中非规范字符,为后续分析提供正确的、符合规范的数据.统计模块根据用户指定的密码子组合类型,结果返回特定的密码子用法表.本文还探讨序列检查和密码子用法统计中计算机的运算特性,结果表明该软件检查1条长达150000 bp的序列仪耗时约0.2 s,而从中统计密码子十联体的用法仅耗时约0.1 g.
密碼子偏好是自然現象,分析密碼子的用法可以優化錶達基因,即密碼子優化,從而調節目的基因在特定宿主中的錶達水平.現有密碼子用法分析軟件多數隻限于單箇密碼子,適用于密碼子對和密碼子三聯體的較少見.本文提齣1種可統計任意密碼子用法的軟件結構,開髮齣1箇密碼子用法統計軟件"BestCodon",擁有序列檢查和密碼子用法統計2箇模塊.檢查模塊可代替人工校對,剔除輸入序列中非規範字符,為後續分析提供正確的、符閤規範的數據.統計模塊根據用戶指定的密碼子組閤類型,結果返迴特定的密碼子用法錶.本文還探討序列檢查和密碼子用法統計中計算機的運算特性,結果錶明該軟件檢查1條長達150000 bp的序列儀耗時約0.2 s,而從中統計密碼子十聯體的用法僅耗時約0.1 g.
밀마자편호시자연현상,분석밀마자적용법가이우화표체기인,즉밀마자우화,종이조절목적기인재특정숙주중적표체수평.현유밀마자용법분석연건다수지한우단개밀마자,괄용우밀마자대화밀마자삼련체적교소견.본문제출1충가통계임의밀마자용법적연건결구,개발출1개밀마자용법통계연건"BestCodon",옹유서렬검사화밀마자용법통계2개모괴.검사모괴가대체인공교대,척제수입서렬중비규범자부,위후속분석제공정학적、부합규범적수거.통계모괴근거용호지정적밀마자조합류형,결과반회특정적밀마자용법표.본문환탐토서렬검사화밀마자용법통계중계산궤적운산특성,결과표명해연건검사1조장체150000 bp적서렬의모시약0.2 s,이종중통계밀마자십련체적용법부모시약0.1 g.
