作物学报
作物學報
작물학보
ACTA AGRONOMICA SINICA
2012年
1期
43-49
,共7页
李媛媛%陈庆芳%傅廷栋%马朝芝
李媛媛%陳慶芳%傅廷棟%馬朝芝
리원원%진경방%부정동%마조지
甘蓝型油菜%功能基因%SSCP%序列分析
甘藍型油菜%功能基因%SSCP%序列分析
감람형유채%공능기인%SSCP%서렬분석
以甘蓝型油菜SI-1300和Eagle为材料,利用DNA单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism,SSCP)技术,对10对功能基因特异性引物进行多态性分析,每对引物均检测到1个多态性位点.随后随机挑选10个多态性片段进行测序,并利用bl2seq软件比较测序序列与基因原始序列.结果显示测序序列与所对应的基因原始序列之间相似程度平均高达98%,差异碱基数平均仅为2.3个.进一步选取5对引物比较分析两个材料间的差异扩增片 段序列,发现差异扩增片段在2个材料中高度保守,平均相似度达97%;在所测序的5对引物扩增序列中,共存在39个单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)和5个插入/缺失突变(insertion-deletions,INDELs),SNP和INDEL的发生频率分别为1 SNP/30 bp和1 INDEL/233 bp.结果表明,SSCP标记能够真实代表原始功能基因,甘蓝型油菜功能基因序列在不同材料间高度保守,其遗传变异类型主要来源于SNP.
以甘藍型油菜SI-1300和Eagle為材料,利用DNA單鏈構象多態性(single-strand conformation polymorphism,SSCP)技術,對10對功能基因特異性引物進行多態性分析,每對引物均檢測到1箇多態性位點.隨後隨機挑選10箇多態性片段進行測序,併利用bl2seq軟件比較測序序列與基因原始序列.結果顯示測序序列與所對應的基因原始序列之間相似程度平均高達98%,差異堿基數平均僅為2.3箇.進一步選取5對引物比較分析兩箇材料間的差異擴增片 段序列,髮現差異擴增片段在2箇材料中高度保守,平均相似度達97%;在所測序的5對引物擴增序列中,共存在39箇單覈苷痠多態性(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)和5箇插入/缺失突變(insertion-deletions,INDELs),SNP和INDEL的髮生頻率分彆為1 SNP/30 bp和1 INDEL/233 bp.結果錶明,SSCP標記能夠真實代錶原始功能基因,甘藍型油菜功能基因序列在不同材料間高度保守,其遺傳變異類型主要來源于SNP.
이감람형유채SI-1300화Eagle위재료,이용DNA단련구상다태성(single-strand conformation polymorphism,SSCP)기술,대10대공능기인특이성인물진행다태성분석,매대인물균검측도1개다태성위점.수후수궤도선10개다태성편단진행측서,병이용bl2seq연건비교측서서렬여기인원시서렬.결과현시측서서렬여소대응적기인원시서렬지간상사정도평균고체98%,차이감기수평균부위2.3개.진일보선취5대인물비교분석량개재료간적차이확증편 단서렬,발현차이확증편단재2개재료중고도보수,평균상사도체97%;재소측서적5대인물확증서렬중,공존재39개단핵감산다태성(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)화5개삽입/결실돌변(insertion-deletions,INDELs),SNP화INDEL적발생빈솔분별위1 SNP/30 bp화1 INDEL/233 bp.결과표명,SSCP표기능구진실대표원시공능기인,감람형유채공능기인서렬재불동재료간고도보수,기유전변이류형주요래원우SNP.