生物化学与生物物理进展
生物化學與生物物理進展
생물화학여생물물리진전
PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS
2008年
11期
1239-1246
,共8页
王青芸%易慧%刘来福%孟大志
王青蕓%易慧%劉來福%孟大誌
왕청예%역혜%류래복%맹대지
系统发生谱的逻辑分析(LAPP)%逻辑相关性%复杂网络%基因网络
繫統髮生譜的邏輯分析(LAPP)%邏輯相關性%複雜網絡%基因網絡
계통발생보적라집분석(LAPP)%라집상관성%복잡망락%기인망락
海量生物数据的涌现,使得通过数据分析和理论方法探索生物机理成为理论生物学研究的重要途径.特别是对于基因的复杂的功能系统,建立基因网络这种理论方法的意义更为突出.Bowers在蛋白质相互作用的分析中引入了高阶逻辑关系,从而建立了系统发生谱数据的逻辑分析(LAPP)的系统方法.LAPP和通常建立模型的方法不同,它给出了一个从复杂网络的元素(或部件)的表达数据出发,通过逻辑分析,找到元素之间逻辑关联性的建模方法.这种方法能够从蛋白质表达谱数据出发,利用信息熵的算法发现两种蛋白质对一种蛋白质的联合作用,对于发现蛋白质之间新的作用机理有重要意义.由于涉及功能的基因组通常是一个大的群体构成的系统,因此LAPP方法也是一个生成复杂的基因逻辑网络的方法.基因逻辑网络的建立,方便实现通过逻辑调控进行基因调控的目的.这种方法可以应用在很多方面,如物种进化、肿瘤诊疗等等.系统阐述并分析了LAPP方法,并指出其在方法和应用方面的新进展以及评述.
海量生物數據的湧現,使得通過數據分析和理論方法探索生物機理成為理論生物學研究的重要途徑.特彆是對于基因的複雜的功能繫統,建立基因網絡這種理論方法的意義更為突齣.Bowers在蛋白質相互作用的分析中引入瞭高階邏輯關繫,從而建立瞭繫統髮生譜數據的邏輯分析(LAPP)的繫統方法.LAPP和通常建立模型的方法不同,它給齣瞭一箇從複雜網絡的元素(或部件)的錶達數據齣髮,通過邏輯分析,找到元素之間邏輯關聯性的建模方法.這種方法能夠從蛋白質錶達譜數據齣髮,利用信息熵的算法髮現兩種蛋白質對一種蛋白質的聯閤作用,對于髮現蛋白質之間新的作用機理有重要意義.由于涉及功能的基因組通常是一箇大的群體構成的繫統,因此LAPP方法也是一箇生成複雜的基因邏輯網絡的方法.基因邏輯網絡的建立,方便實現通過邏輯調控進行基因調控的目的.這種方法可以應用在很多方麵,如物種進化、腫瘤診療等等.繫統闡述併分析瞭LAPP方法,併指齣其在方法和應用方麵的新進展以及評述.
해량생물수거적용현,사득통과수거분석화이론방법탐색생물궤리성위이론생물학연구적중요도경.특별시대우기인적복잡적공능계통,건립기인망락저충이론방법적의의경위돌출.Bowers재단백질상호작용적분석중인입료고계라집관계,종이건립료계통발생보수거적라집분석(LAPP)적계통방법.LAPP화통상건립모형적방법불동,타급출료일개종복잡망락적원소(혹부건)적표체수거출발,통과라집분석,조도원소지간라집관련성적건모방법.저충방법능구종단백질표체보수거출발,이용신식적적산법발현량충단백질대일충단백질적연합작용,대우발현단백질지간신적작용궤리유중요의의.유우섭급공능적기인조통상시일개대적군체구성적계통,인차LAPP방법야시일개생성복잡적기인라집망락적방법.기인라집망락적건립,방편실현통과라집조공진행기인조공적목적.저충방법가이응용재흔다방면,여물충진화、종류진료등등.계통천술병분석료LAPP방법,병지출기재방법화응용방면적신진전이급평술.