微生物学通报
微生物學通報
미생물학통보
MICROBIOLOGY
2007年
1期
6-9
,共4页
韩跃华%刘文忠%史耀舟%赵国屏%萧树东%张庆华
韓躍華%劉文忠%史耀舟%趙國屏%蕭樹東%張慶華
한약화%류문충%사요주%조국병%소수동%장경화
幽门螺杆菌%基因组%表达谱芯片
幽門螺桿菌%基因組%錶達譜芯片
유문라간균%기인조%표체보심편
以H.pylori 26695 和J99作为模板,采用多聚酶链反应(PCR)扩增得到所需要的开放阅读框(open reading frame,ORF)片段.使用Genemachine点样仪进行点样,采用随机九聚体、Cy3-dCTP或Cy5-dCTP和SuperscriptⅡ标记H.pylori RNA标本,完成芯片杂交过程.数据判断标准是标化后Cy3/Cy5比值(ratio)≤0.5为基因表达上调,若ratio值≥2.0则为表达下调.采用芯片重复性、信噪比评估芯片质量,应用RT-PCR反应验证芯片结果.研制的H.pylori基因组DNA芯片共包括1636个ORF,其中H.pylori 26695为1549个,J99为87个.表达谱数据分析显示大多数阵列具有显著高于背景的杂交信号,信噪比(S/N)≥2的基因点数约占总基因数的87.76%.芯片内点间重复率约为94.05%.通过RT-PCR反应显示,在所选择的20个基因中,大部分基因的RT-PCR结果与芯片检测结果一致.
以H.pylori 26695 和J99作為模闆,採用多聚酶鏈反應(PCR)擴增得到所需要的開放閱讀框(open reading frame,ORF)片段.使用Genemachine點樣儀進行點樣,採用隨機九聚體、Cy3-dCTP或Cy5-dCTP和SuperscriptⅡ標記H.pylori RNA標本,完成芯片雜交過程.數據判斷標準是標化後Cy3/Cy5比值(ratio)≤0.5為基因錶達上調,若ratio值≥2.0則為錶達下調.採用芯片重複性、信譟比評估芯片質量,應用RT-PCR反應驗證芯片結果.研製的H.pylori基因組DNA芯片共包括1636箇ORF,其中H.pylori 26695為1549箇,J99為87箇.錶達譜數據分析顯示大多數陣列具有顯著高于揹景的雜交信號,信譟比(S/N)≥2的基因點數約佔總基因數的87.76%.芯片內點間重複率約為94.05%.通過RT-PCR反應顯示,在所選擇的20箇基因中,大部分基因的RT-PCR結果與芯片檢測結果一緻.
이H.pylori 26695 화J99작위모판,채용다취매련반응(PCR)확증득도소수요적개방열독광(open reading frame,ORF)편단.사용Genemachine점양의진행점양,채용수궤구취체、Cy3-dCTP혹Cy5-dCTP화SuperscriptⅡ표기H.pylori RNA표본,완성심편잡교과정.수거판단표준시표화후Cy3/Cy5비치(ratio)≤0.5위기인표체상조,약ratio치≥2.0칙위표체하조.채용심편중복성、신조비평고심편질량,응용RT-PCR반응험증심편결과.연제적H.pylori기인조DNA심편공포괄1636개ORF,기중H.pylori 26695위1549개,J99위87개.표체보수거분석현시대다수진렬구유현저고우배경적잡교신호,신조비(S/N)≥2적기인점수약점총기인수적87.76%.심편내점간중복솔약위94.05%.통과RT-PCR반응현시,재소선택적20개기인중,대부분기인적RT-PCR결과여심편검측결과일치.
