计算机与应用化学
計算機與應用化學
계산궤여응용화학
COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY
2014年
3期
298-302
,共5页
靳玉瑞%李爱秀%邓联柏%罗力%李凯
靳玉瑞%李愛秀%鄧聯柏%囉力%李凱
근옥서%리애수%산련백%라력%리개
神经氨酸酶%2009甲型H1N1%抑制剂%分子对接%相互作用
神經氨痠酶%2009甲型H1N1%抑製劑%分子對接%相互作用
신경안산매%2009갑형H1N1%억제제%분자대접%상호작용
neuraminidase%2009 H1N1%inhibitor%molecular docking%interaction
神经氨酸酶(NA)是流感病毒复制过程中的关键酶,基于NA结构设计的抑制剂(NAI)已成为临床上最主要的抗流感病毒药物.由于2009甲型H1N1流感病毒NA (09N1)与以往NA亚型的三维结构不同,对09N1的深入研究可为新型NAI的设计打开思路.本文利用分子对接软件GOLD和Surflex-Dock对09N 1-NAI复合物(09N1体系)进行对接研究,采用配体对接构象的RMSD值和KISS score值(复合物晶体结构中氢键作用的重现率)等两项指标评价分子对接效果,并进一步分析NAI与09N1之间的相互作用.结果:所有配体得分最高构象的RMSD值均小于2.0(A),且KISS score值均较高,在GOLD对接中,基于打分函数GoldScore的对接结果优于ChemScore;氢键作用、静电作用、疏水作用和范德华力在配体对接构象得分中均占一定比例.结论:GOLD和Surflex-Dock对09Nl体系的分子对接均具有一定可靠性,在GOLD对接中宜选GoldScore作为打分函数;通过对接验证了氢键作用、静电作用和疏水作用在NAI与NA结合中的重要性,提出范德华力对分子间的相互作用也有重要贡献.
神經氨痠酶(NA)是流感病毒複製過程中的關鍵酶,基于NA結構設計的抑製劑(NAI)已成為臨床上最主要的抗流感病毒藥物.由于2009甲型H1N1流感病毒NA (09N1)與以往NA亞型的三維結構不同,對09N1的深入研究可為新型NAI的設計打開思路.本文利用分子對接軟件GOLD和Surflex-Dock對09N 1-NAI複閤物(09N1體繫)進行對接研究,採用配體對接構象的RMSD值和KISS score值(複閤物晶體結構中氫鍵作用的重現率)等兩項指標評價分子對接效果,併進一步分析NAI與09N1之間的相互作用.結果:所有配體得分最高構象的RMSD值均小于2.0(A),且KISS score值均較高,在GOLD對接中,基于打分函數GoldScore的對接結果優于ChemScore;氫鍵作用、靜電作用、疏水作用和範德華力在配體對接構象得分中均佔一定比例.結論:GOLD和Surflex-Dock對09Nl體繫的分子對接均具有一定可靠性,在GOLD對接中宜選GoldScore作為打分函數;通過對接驗證瞭氫鍵作用、靜電作用和疏水作用在NAI與NA結閤中的重要性,提齣範德華力對分子間的相互作用也有重要貢獻.
신경안산매(NA)시류감병독복제과정중적관건매,기우NA결구설계적억제제(NAI)이성위림상상최주요적항류감병독약물.유우2009갑형H1N1류감병독NA (09N1)여이왕NA아형적삼유결구불동,대09N1적심입연구가위신형NAI적설계타개사로.본문이용분자대접연건GOLD화Surflex-Dock대09N 1-NAI복합물(09N1체계)진행대접연구,채용배체대접구상적RMSD치화KISS score치(복합물정체결구중경건작용적중현솔)등량항지표평개분자대접효과,병진일보분석NAI여09N1지간적상호작용.결과:소유배체득분최고구상적RMSD치균소우2.0(A),차KISS score치균교고,재GOLD대접중,기우타분함수GoldScore적대접결과우우ChemScore;경건작용、정전작용、소수작용화범덕화력재배체대접구상득분중균점일정비례.결론:GOLD화Surflex-Dock대09Nl체계적분자대접균구유일정가고성,재GOLD대접중의선GoldScore작위타분함수;통과대접험증료경건작용、정전작용화소수작용재NAI여NA결합중적중요성,제출범덕화력대분자간적상호작용야유중요공헌.
