物理化学学报
物理化學學報
물이화학학보
ACTA PHYSICO-CHIMICA SINICA
2013年
9期
1945-1953
,共9页
韩娜%袁哲明%陈渊%代志军%王志明
韓娜%袁哲明%陳淵%代誌軍%王誌明
한나%원철명%진연%대지군%왕지명
抗原肽%定量序效模型%高维特征%支持向量回归%多肽疫苗
抗原肽%定量序效模型%高維特徵%支持嚮量迴歸%多肽疫苗
항원태%정량서효모형%고유특정%지지향량회귀%다태역묘
Antigenic peptide%Quantitative sequence activity model%High-dimensional descriptor%Support vector regression%Peptide vaccine
高活性细胞毒T细胞(CTL)表位鉴定是设计肿瘤疫苗的关键内容.采用天然氨基酸的531个物理化学性质参数表征HLA-A*0201限制性表位9肽,从531×9个初始描述子出发,经二元矩阵重排过滤器粗筛和多轮末尾淘汰精细筛选,获得18个物理化学意义明确的保留描述子.18个保留描述子主要涉及除1位、5位外各位置残基的疏水性和空间结构特征,3位残基疏水性对活性影响最大,且2位、4位、9位残基共占10个保留描述子,支持2位和9位残基为锚点、3位为关键位点以及4位残基为标志链的现有认知.对18个保留描述子以支持向量回归构建定量序效模型,其拟合、留一法交叉验证决定系数R2、Q2cv分别为0.957、0.708;独立预测决定系数及均方根误差Q2ext、RMSEext分别为0.818、0.366,明显优于文献报道.通过对全组合虚拟9肽的预测,得到了多条预测活性高于已知表位肽的9肽,可供实验验证.较全面阐明了特定位置残基对多肽亲和性的影响规律,为高活性多肽疫苗分子设计提供了切实指导.
高活性細胞毒T細胞(CTL)錶位鑒定是設計腫瘤疫苗的關鍵內容.採用天然氨基痠的531箇物理化學性質參數錶徵HLA-A*0201限製性錶位9肽,從531×9箇初始描述子齣髮,經二元矩陣重排過濾器粗篩和多輪末尾淘汰精細篩選,穫得18箇物理化學意義明確的保留描述子.18箇保留描述子主要涉及除1位、5位外各位置殘基的疏水性和空間結構特徵,3位殘基疏水性對活性影響最大,且2位、4位、9位殘基共佔10箇保留描述子,支持2位和9位殘基為錨點、3位為關鍵位點以及4位殘基為標誌鏈的現有認知.對18箇保留描述子以支持嚮量迴歸構建定量序效模型,其擬閤、留一法交扠驗證決定繫數R2、Q2cv分彆為0.957、0.708;獨立預測決定繫數及均方根誤差Q2ext、RMSEext分彆為0.818、0.366,明顯優于文獻報道.通過對全組閤虛擬9肽的預測,得到瞭多條預測活性高于已知錶位肽的9肽,可供實驗驗證.較全麵闡明瞭特定位置殘基對多肽親和性的影響規律,為高活性多肽疫苗分子設計提供瞭切實指導.
고활성세포독T세포(CTL)표위감정시설계종류역묘적관건내용.채용천연안기산적531개물이화학성질삼수표정HLA-A*0201한제성표위9태,종531×9개초시묘술자출발,경이원구진중배과려기조사화다륜말미도태정세사선,획득18개물이화학의의명학적보류묘술자.18개보류묘술자주요섭급제1위、5위외각위치잔기적소수성화공간결구특정,3위잔기소수성대활성영향최대,차2위、4위、9위잔기공점10개보류묘술자,지지2위화9위잔기위묘점、3위위관건위점이급4위잔기위표지련적현유인지.대18개보류묘술자이지지향량회귀구건정량서효모형,기의합、류일법교차험증결정계수R2、Q2cv분별위0.957、0.708;독립예측결정계수급균방근오차Q2ext、RMSEext분별위0.818、0.366,명현우우문헌보도.통과대전조합허의9태적예측,득도료다조예측활성고우이지표위태적9태,가공실험험증.교전면천명료특정위치잔기대다태친화성적영향규률,위고활성다태역묘분자설계제공료절실지도.
