山东农业科学
山東農業科學
산동농업과학
SHANGDONG AGRICULTURAL SCIENCES
2013年
7期
24-28,32
,共6页
郭玉平%单天雷%袁延超%宋宪亮%孙学振
郭玉平%單天雷%袁延超%宋憲亮%孫學振
곽옥평%단천뢰%원연초%송헌량%손학진
FAD2基因%密码子偏好性
FAD2基因%密碼子偏好性
FAD2기인%밀마자편호성
FAD2 gene%Codon usage bias
本研究运用多种软件对12种作物的FAD2基因进行密码子偏好性分析.结果表明:FAD2基因在12种作物中密码子使用偏好性差异很大,禾本科作物玉米、水稻、高粱的FAD2基因有效密码子数(Effective Number of Codons,ENC)在30左右,为偏好性很强的基因；油料作物油菜和亚麻的FAD2基因的ENC值分别为45.49和48.58,为一般偏好性基因；另外6种油料作物和模式植物拟南芥的FAD2基因ENC值都大于50,偏好性较弱.玉米、水稻、高粱、油菜、亚麻、花生和拟南芥的FAD2基因偏好以G或C碱基结尾的密码子,其余5种油料作物的FAD2基因偏好使用以A或T结尾的密码子.在12种作物中,密码子CTC的RSCU值都大于1,属于高频使用的密码子；而CTA、ATA、GTA、AGT、CCC属于低频密码子.在聚类分析中,12种作物基于FAD2基因密码子用法与基于CDS序列的聚类结果大体一致.
本研究運用多種軟件對12種作物的FAD2基因進行密碼子偏好性分析.結果錶明:FAD2基因在12種作物中密碼子使用偏好性差異很大,禾本科作物玉米、水稻、高粱的FAD2基因有效密碼子數(Effective Number of Codons,ENC)在30左右,為偏好性很彊的基因；油料作物油菜和亞痳的FAD2基因的ENC值分彆為45.49和48.58,為一般偏好性基因；另外6種油料作物和模式植物擬南芥的FAD2基因ENC值都大于50,偏好性較弱.玉米、水稻、高粱、油菜、亞痳、花生和擬南芥的FAD2基因偏好以G或C堿基結尾的密碼子,其餘5種油料作物的FAD2基因偏好使用以A或T結尾的密碼子.在12種作物中,密碼子CTC的RSCU值都大于1,屬于高頻使用的密碼子；而CTA、ATA、GTA、AGT、CCC屬于低頻密碼子.在聚類分析中,12種作物基于FAD2基因密碼子用法與基于CDS序列的聚類結果大體一緻.
본연구운용다충연건대12충작물적FAD2기인진행밀마자편호성분석.결과표명:FAD2기인재12충작물중밀마자사용편호성차이흔대,화본과작물옥미、수도、고량적FAD2기인유효밀마자수(Effective Number of Codons,ENC)재30좌우,위편호성흔강적기인；유료작물유채화아마적FAD2기인적ENC치분별위45.49화48.58,위일반편호성기인；령외6충유료작물화모식식물의남개적FAD2기인ENC치도대우50,편호성교약.옥미、수도、고량、유채、아마、화생화의남개적FAD2기인편호이G혹C감기결미적밀마자,기여5충유료작물적FAD2기인편호사용이A혹T결미적밀마자.재12충작물중,밀마자CTC적RSCU치도대우1,속우고빈사용적밀마자；이CTA、ATA、GTA、AGT、CCC속우저빈밀마자.재취류분석중,12충작물기우FAD2기인밀마자용법여기우CDS서렬적취류결과대체일치.
