电子器件
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전자기건
JOURNAL OF ELECTRON DEVICES
2013年
4期
450-454
,共5页
张倩倩%曹唱唱%丁啸%孙啸
張倩倩%曹唱唱%丁嘯%孫嘯
장천천%조창창%정소%손소
宏基因组%分装%序列关联性特征
宏基因組%分裝%序列關聯性特徵
굉기인조%분장%서렬관련성특정
Metagenomics%binning%sequence relevance characteristics
随着高通量测序技术的成熟,宏基因组学已经成为了一门新兴的热门学科.从混合的微生物测序片段中正确的分装DNA片段一直是一个挑战.分装的准确性直接影响宏基因组学研究的深度和效率,提高分装准确性的关键在于提取出一种有效的宏基因组测序片段的序列特征.目前主流分装方法可以分为两类,一类是基于序列相似性比较;另一类是基于序列特征.本文深入研究碱基之间的关联性,运用一种基于碱基关联性特征的分装方法(碱基对关联性),利用机器学习算法实现准确的分装,在对不同物种层次不同复杂度的模拟宏基因组数据集进行分装时都能保持良好的性能.并且将此方法同无监督分装软件MetaCluster3.0以及那些单纯使用三联、四联核苷酸频率进行分装的算法做对比,并对结果进行了深入讨论.
隨著高通量測序技術的成熟,宏基因組學已經成為瞭一門新興的熱門學科.從混閤的微生物測序片段中正確的分裝DNA片段一直是一箇挑戰.分裝的準確性直接影響宏基因組學研究的深度和效率,提高分裝準確性的關鍵在于提取齣一種有效的宏基因組測序片段的序列特徵.目前主流分裝方法可以分為兩類,一類是基于序列相似性比較;另一類是基于序列特徵.本文深入研究堿基之間的關聯性,運用一種基于堿基關聯性特徵的分裝方法(堿基對關聯性),利用機器學習算法實現準確的分裝,在對不同物種層次不同複雜度的模擬宏基因組數據集進行分裝時都能保持良好的性能.併且將此方法同無鑑督分裝軟件MetaCluster3.0以及那些單純使用三聯、四聯覈苷痠頻率進行分裝的算法做對比,併對結果進行瞭深入討論.
수착고통량측서기술적성숙,굉기인조학이경성위료일문신흥적열문학과.종혼합적미생물측서편단중정학적분장DNA편단일직시일개도전.분장적준학성직접영향굉기인조학연구적심도화효솔,제고분장준학성적관건재우제취출일충유효적굉기인조측서편단적서렬특정.목전주류분장방법가이분위량류,일류시기우서렬상사성비교;령일류시기우서렬특정.본문심입연구감기지간적관련성,운용일충기우감기관련성특정적분장방법(감기대관련성),이용궤기학습산법실현준학적분장,재대불동물충층차불동복잡도적모의굉기인조수거집진행분장시도능보지량호적성능.병차장차방법동무감독분장연건MetaCluster3.0이급나사단순사용삼련、사련핵감산빈솔진행분장적산법주대비,병대결과진행료심입토론.
