草地学报
草地學報
초지학보
ACTA AGRESTIA SINICA
2014年
2期
352-358
,共7页
张丽君%刘龙龙%乔治军%马名川%周建萍%范银燕%崔林
張麗君%劉龍龍%喬治軍%馬名川%週建萍%範銀燕%崔林
장려군%류룡룡%교치군%마명천%주건평%범은연%최림
燕麦%雄蕊%RNA-seq%生物信息学分析
燕麥%雄蕊%RNA-seq%生物信息學分析
연맥%웅예%RNA-seq%생물신식학분석
Oat%Stamen%RNA-seq%Bioinformatics analysis
以重组自交构建的燕麦(Avena L.)近等基因系为研究对象,通过构建转录组测序文库并进行Illumina RNA-seq双端测序及生物信息学分析,了解雄蕊生长发育过程,特别是花粉发育基因调控过程.共获得原始数据23.13Gb,有效数据20.61 Gb.通过de novo拼接,获得的unigene总长度约为95.95 Mb,均contig长度为716 nt,N50长度为1.07 kb.转录物注释结果显示,82992条转录物序列具有同源比对信息,COG和GO功能分类工具分别将已注释转录物序列划分为25个和56个功能类别.通过对2个材料间转录物序列及表达水平比较,初步确定在雄蕊形成过程中3643条序列表达量上调,50条序列表达量上调10倍以上;12312条序列表达量下调,2041条序列表达量下调10倍以上.
以重組自交構建的燕麥(Avena L.)近等基因繫為研究對象,通過構建轉錄組測序文庫併進行Illumina RNA-seq雙耑測序及生物信息學分析,瞭解雄蕊生長髮育過程,特彆是花粉髮育基因調控過程.共穫得原始數據23.13Gb,有效數據20.61 Gb.通過de novo拼接,穫得的unigene總長度約為95.95 Mb,均contig長度為716 nt,N50長度為1.07 kb.轉錄物註釋結果顯示,82992條轉錄物序列具有同源比對信息,COG和GO功能分類工具分彆將已註釋轉錄物序列劃分為25箇和56箇功能類彆.通過對2箇材料間轉錄物序列及錶達水平比較,初步確定在雄蕊形成過程中3643條序列錶達量上調,50條序列錶達量上調10倍以上;12312條序列錶達量下調,2041條序列錶達量下調10倍以上.
이중조자교구건적연맥(Avena L.)근등기인계위연구대상,통과구건전록조측서문고병진행Illumina RNA-seq쌍단측서급생물신식학분석,료해웅예생장발육과정,특별시화분발육기인조공과정.공획득원시수거23.13Gb,유효수거20.61 Gb.통과de novo병접,획득적unigene총장도약위95.95 Mb,균contig장도위716 nt,N50장도위1.07 kb.전록물주석결과현시,82992조전록물서렬구유동원비대신식,COG화GO공능분류공구분별장이주석전록물서렬화분위25개화56개공능유별.통과대2개재료간전록물서렬급표체수평비교,초보학정재웅예형성과정중3643조서렬표체량상조,50조서렬표체량상조10배이상;12312조서렬표체량하조,2041조서렬표체량하조10배이상.
