生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2013年
2期
136-141
,共6页
徐洪来%肖敏%杨超%高义%雒真龙%周鸿敏%陈忠华
徐洪來%肖敏%楊超%高義%雒真龍%週鴻敏%陳忠華
서홍래%초민%양초%고의%락진룡%주홍민%진충화
肝移植%临床耐受%基因表达谱%蛋白质相互作用网络
肝移植%臨床耐受%基因錶達譜%蛋白質相互作用網絡
간이식%림상내수%기인표체보%단백질상호작용망락
Liver Transplantation%Operational Tolerance%Gene Expression Profile%PPIN
应用生物信息学方法分析肝移植临床耐受患者PBMC基因表达特征,筛选临床耐受关键基因.从GEO数据库获取19个肝移植临床耐受病例及22个非临床耐受病例基因表达谱数据.应用DAVID网络软件进行差异基因功能注释与聚类分析；通过Cytoscape软件的MiMI插件构建蛋白质相互作用网络(PPIN)筛选肝移植临床耐受关键基因.差异基因涉及蛋白质及RNA代谢、免疫应答、膜结构调节等复杂生物过程.PPIN网络分析获得10个临床耐受核心基因.我们的研究表明:肝移植临床耐受涉及外周血免疫细胞复杂的基因表达调控机制及蛋白质间相互作用；RNA的转录后加工及蛋白质降解在免疫耐受的形成中发挥了重要作用；RBM8A、DHX9、CBL、IKBKB、CSNK2A1、HSPA8等核心基因发挥重要的免疫调节功能.
應用生物信息學方法分析肝移植臨床耐受患者PBMC基因錶達特徵,篩選臨床耐受關鍵基因.從GEO數據庫穫取19箇肝移植臨床耐受病例及22箇非臨床耐受病例基因錶達譜數據.應用DAVID網絡軟件進行差異基因功能註釋與聚類分析；通過Cytoscape軟件的MiMI插件構建蛋白質相互作用網絡(PPIN)篩選肝移植臨床耐受關鍵基因.差異基因涉及蛋白質及RNA代謝、免疫應答、膜結構調節等複雜生物過程.PPIN網絡分析穫得10箇臨床耐受覈心基因.我們的研究錶明:肝移植臨床耐受涉及外週血免疫細胞複雜的基因錶達調控機製及蛋白質間相互作用；RNA的轉錄後加工及蛋白質降解在免疫耐受的形成中髮揮瞭重要作用；RBM8A、DHX9、CBL、IKBKB、CSNK2A1、HSPA8等覈心基因髮揮重要的免疫調節功能.
응용생물신식학방법분석간이식림상내수환자PBMC기인표체특정,사선림상내수관건기인.종GEO수거고획취19개간이식림상내수병례급22개비림상내수병례기인표체보수거.응용DAVID망락연건진행차이기인공능주석여취류분석；통과Cytoscape연건적MiMI삽건구건단백질상호작용망락(PPIN)사선간이식림상내수관건기인.차이기인섭급단백질급RNA대사、면역응답、막결구조절등복잡생물과정.PPIN망락분석획득10개림상내수핵심기인.아문적연구표명:간이식림상내수섭급외주혈면역세포복잡적기인표체조공궤제급단백질간상호작용；RNA적전록후가공급단백질강해재면역내수적형성중발휘료중요작용；RBM8A、DHX9、CBL、IKBKB、CSNK2A1、HSPA8등핵심기인발휘중요적면역조절공능.
