稻瘟病菌不同拼接版本基因组序列差异性比较
도온병균불동병접판본기인조서렬차이성비교
Comparison on Genome Sequence of Magnaporthe oryzae in Different Assembly Databases
  • 万方数据
    中国水稻科学 중국수도과학
    CHINESE JOURNAL OF RICE SCIENCE
    2013年 4期 425-433 ,共9页

    毛雪琴%姜华%王艳丽%张震%柴荣耀%王教瑜%邱海萍%杜新法%孙国昌

    모설금%강화%왕염려%장진%시영요%왕교유%구해평%두신법%손국창

    稻瘟病%稻瘟病菌%基因组%图位克隆%无毒基因 稻瘟病%稻瘟病菌%基因組%圖位剋隆%無毒基因
    도온병%도온병균%기인조%도위극륭%무독기인
    rice blast%Magnaporthe oryzae%genome%map-based cloning%avirulence gene
    为了明确稻瘟病菌不同拼接版本基因组序列的差异,促进合理利用不同拼接版本基因组序列,比较了不同版本稻瘟病菌基因组数据库微卫星序列的分布情况,功能基因的位置及长度差异,SSR引物的位置差异等.结果表明,不同基因组数据库在序列长度上差异明显,功能基因的位置、SSR引物位置和SSR核苷酸重复类型数量也差异明显.无毒基因Avr-Pizt连锁标记比较分析表明Avr-Pizt基因定位在不同数据库中差别明显.不同稻瘟病菌数据库中,第7染色体的序列与其上的BAC序列之间差异显著,虽然这不影响功能基因的分析,但影响无毒基因图位克隆的定位区间的判断.因此,稻瘟病菌研究者应根据实际情况选择相应的数据库.
    위료명학도온병균불동병접판본기인조서렬적차이,촉진합리이용불동병접판본기인조서렬,비교료불동판본도온병균기인조수거고미위성서렬적분포정황,공능기인적위치급장도차이,SSR인물적위치차이등.결과표명,불동기인조수거고재서렬장도상차이명현,공능기인적위치、SSR인물위치화SSR핵감산중복류형수량야차이명현.무독기인Avr-Pizt련쇄표기비교분석표명Avr-Pizt기인정위재불동수거고중차별명현.불동도온병균수거고중,제7염색체적서렬여기상적BAC서렬지간차이현저,수연저불영향공능기인적분석,단영향무독기인도위극륭적정위구간적판단.인차,도온병균연구자응근거실제정황선택상응적수거고.
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