江苏农业科学
江囌農業科學
강소농업과학
JIANGSU AGRICULTURAL SCIENCES
2013年
6期
31-35
,共5页
假单胞菌(Pseudomonas)%16S rDNA%分子鉴定
假單胞菌(Pseudomonas)%16S rDNA%分子鑒定
가단포균(Pseudomonas)%16S rDNA%분자감정
对分离自养殖水环境的4株假单胞菌属细菌的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,在Gen-Bank中通过BLAST查找其同源序列,应用MegAlign软件中的Jotun Hein、Clustal V、Clustal W 3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega 4.0软件中的邻接法(N-J)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树.3种序列分析方法结果显示,由Jotun Hein法可知,菌株T3与菌株T6序列相似度最高为98.5％,菌株T4与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为99.1％,菌株T5与Pseudomonas sp.N9-l序列相似度最高为99.6％,菌株T6与Pseudomonas putida KF703及菌株T5序列相似度最高为99.1％；由Clustal V法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.0％,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21、Pseudomonas sp.N9-1及菌株T5序列相似度最高为97.7％,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为98.9％,菌株T6与菌株T5序列相似度最高为97.2％；由Clustal W法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高均为97.7％,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为99.3％,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为99.6％,菌株T6与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.9％.4种方法构建的系统发育树基本一致,可初步确立4株菌株的分类地位:菌株T3与Pseudomonas sp.G53亲缘关系最近,菌株T4与序列Pseudomonas sp.N9-1以及Pseudomonas sp.WP6亲缘关系最近,菌株T5与Pseudomonas sp.3-3(2010)亲缘关系最近,菌株T6与Pseudomonas plecoglossicida S21亲缘关系最近.
對分離自養殖水環境的4株假單胞菌屬細菌的16S rDNA序列進行PCR擴增併測定其覈痠序列,在Gen-Bank中通過BLAST查找其同源序列,應用MegAlign軟件中的Jotun Hein、Clustal V、Clustal W 3種方法進行序列差異和同源性分析,分彆使用Mega 4.0軟件中的鄰接法(N-J)、最小進化法(ME)、最大簡約法(MP)、非加權組平均法(UPGMA)構建繫統髮育樹.3種序列分析方法結果顯示,由Jotun Hein法可知,菌株T3與菌株T6序列相似度最高為98.5％,菌株T4與Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高為99.1％,菌株T5與Pseudomonas sp.N9-l序列相似度最高為99.6％,菌株T6與Pseudomonas putida KF703及菌株T5序列相似度最高為99.1％；由Clustal V法可知,菌株T3與Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高為97.0％,菌株T4與Pseudomonas plecoglossicida S21、Pseudomonas sp.N9-1及菌株T5序列相似度最高為97.7％,菌株T5與Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高為98.9％,菌株T6與菌株T5序列相似度最高為97.2％；由Clustal W法可知,菌株T3與Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高均為97.7％,菌株T4與Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高為99.3％,菌株T5與Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高為99.6％,菌株T6與Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高為97.9％.4種方法構建的繫統髮育樹基本一緻,可初步確立4株菌株的分類地位:菌株T3與Pseudomonas sp.G53親緣關繫最近,菌株T4與序列Pseudomonas sp.N9-1以及Pseudomonas sp.WP6親緣關繫最近,菌株T5與Pseudomonas sp.3-3(2010)親緣關繫最近,菌株T6與Pseudomonas plecoglossicida S21親緣關繫最近.
대분리자양식수배경적4주가단포균속세균적16S rDNA서렬진행PCR확증병측정기핵산서렬,재Gen-Bank중통과BLAST사조기동원서렬,응용MegAlign연건중적Jotun Hein、Clustal V、Clustal W 3충방법진행서렬차이화동원성분석,분별사용Mega 4.0연건중적린접법(N-J)、최소진화법(ME)、최대간약법(MP)、비가권조평균법(UPGMA)구건계통발육수.3충서렬분석방법결과현시,유Jotun Hein법가지,균주T3여균주T6서렬상사도최고위98.5％,균주T4여Pseudomonas sp.N9-1서렬상사도최고위99.1％,균주T5여Pseudomonas sp.N9-l서렬상사도최고위99.6％,균주T6여Pseudomonas putida KF703급균주T5서렬상사도최고위99.1％；유Clustal V법가지,균주T3여Pseudomonas sp.N9-1서렬상사도최고위97.0％,균주T4여Pseudomonas plecoglossicida S21、Pseudomonas sp.N9-1급균주T5서렬상사도최고위97.7％,균주T5여Pseudomonas plecoglossicida S21서렬상사도최고위98.9％,균주T6여균주T5서렬상사도최고위97.2％；유Clustal W법가지,균주T3여Pseudomonas sp.N9-1서렬상사도최고균위97.7％,균주T4여Pseudomonas plecoglossicida S21서렬상사도최고위99.3％,균주T5여Pseudomonas plecoglossicida S21서렬상사도최고위99.6％,균주T6여Pseudomonas sp.N9-1서렬상사도최고위97.9％.4충방법구건적계통발육수기본일치,가초보학립4주균주적분류지위:균주T3여Pseudomonas sp.G53친연관계최근,균주T4여서렬Pseudomonas sp.N9-1이급Pseudomonas sp.WP6친연관계최근,균주T5여Pseudomonas sp.3-3(2010)친연관계최근,균주T6여Pseudomonas plecoglossicida S21친연관계최근.
