华东师范大学学报（自然科学版）
華東師範大學學報（自然科學版）
화동사범대학학보（자연과학판）
JOURNAL OF EAST CHINA NORMAL UNIVERSITY(NATURAL SCIENCE)
2014年
4期
102-112
,共11页
祝静静%黎万顺%高虹%徐通%鲍秋颖%郑永祥%周德敏%夏钢
祝靜靜%黎萬順%高虹%徐通%鮑鞦穎%鄭永祥%週德敏%夏鋼
축정정%려만순%고홍%서통%포추영%정영상%주덕민%하강
脆蛇%Ophisaurus harti%系统发育%转录组%cSSR
脆蛇%Ophisaurus harti%繫統髮育%轉錄組%cSSR
취사%Ophisaurus harti%계통발육%전록조%cSSR
glass lizard%Ophisaurus harti%phylogenetic evolution%transcriptome%cSSR
脆蛇是一种类似于蛇但是又具有蜥蜴的特征的爬行动物,这些矛盾的特性与脆蛇的系统发育分类学有密切的关系.脆蛇在传统中药中也有很多治疗作用.基于这些方面,本研究利用高通量测序方法对脆蛇胃肠道的转录组序列进行检测,组装和注释.最终获得4.6 Gbp高质量的数据,组装获得58 959个单一的基因,其中35 708(60.56％)个单一基因与数据库的基因相匹配.为了确定脆蛇与蛇和蜥蜴的同源进化关系,对同源基因家族和系统进化树进行了分析,结果显示脆蛇的转录组序列更接近于蛇而不是蜥蜴.除此之外还鉴定了10 613 cSSR标签,其中1 644个标签根据严格的标准能够用至少一个引物获得.本研究第一次揭示了脆蛇胃肠道的转录组序列,确定其在系统发育学上的定位.这些序列和标签为脆蛇的研究提供了重要的资源.
脆蛇是一種類似于蛇但是又具有蜥蜴的特徵的爬行動物,這些矛盾的特性與脆蛇的繫統髮育分類學有密切的關繫.脆蛇在傳統中藥中也有很多治療作用.基于這些方麵,本研究利用高通量測序方法對脆蛇胃腸道的轉錄組序列進行檢測,組裝和註釋.最終穫得4.6 Gbp高質量的數據,組裝穫得58 959箇單一的基因,其中35 708(60.56％)箇單一基因與數據庫的基因相匹配.為瞭確定脆蛇與蛇和蜥蜴的同源進化關繫,對同源基因傢族和繫統進化樹進行瞭分析,結果顯示脆蛇的轉錄組序列更接近于蛇而不是蜥蜴.除此之外還鑒定瞭10 613 cSSR標籤,其中1 644箇標籤根據嚴格的標準能夠用至少一箇引物穫得.本研究第一次揭示瞭脆蛇胃腸道的轉錄組序列,確定其在繫統髮育學上的定位.這些序列和標籤為脆蛇的研究提供瞭重要的資源.
취사시일충유사우사단시우구유석척적특정적파행동물,저사모순적특성여취사적계통발육분류학유밀절적관계.취사재전통중약중야유흔다치료작용.기우저사방면,본연구이용고통량측서방법대취사위장도적전록조서렬진행검측,조장화주석.최종획득4.6 Gbp고질량적수거,조장획득58 959개단일적기인,기중35 708(60.56％)개단일기인여수거고적기인상필배.위료학정취사여사화석척적동원진화관계,대동원기인가족화계통진화수진행료분석,결과현시취사적전록조서렬경접근우사이불시석척.제차지외환감정료10 613 cSSR표첨,기중1 644개표첨근거엄격적표준능구용지소일개인물획득.본연구제일차게시료취사위장도적전록조서렬,학정기재계통발육학상적정위.저사서렬화표첨위취사적연구제공료중요적자원.
