抗感染药学
抗感染藥學
항감염약학
ANTI-INFECTION PHARMACY
2013年
3期
184-188
,共5页
黄灿%陈姣%劳兴珍%郑珩
黃燦%陳姣%勞興珍%鄭珩
황찬%진교%로흥진%정형
TMB-1%金属β-内酰胺酶(MBLs)%同源模建%分子动力学优化(MD)
TMB-1%金屬β-內酰胺酶(MBLs)%同源模建%分子動力學優化(MD)
TMB-1%금속β-내선알매(MBLs)%동원모건%분자동역학우화(MD)
目的:模拟金属β-内酰胺酶TMB-1三维结构,分析其结构特点与水解活性之间的关系.方法:运用DS 2.5版软件搜索模板、序列比对和构建模型,用Ramanchandran图和3D Profile程序验证模型,经分子动力学优化与水解后氨苄西林Libdock对接,再经动力学优化后与NDM-1重叠分析模型活性位点关键残基.结果:经Ra-manchandran图和3D Profile分析,表明TMB-1蛋白模建结构较为合理；重叠分析显示其空间结构为与其他金属β-内酰胺酶类似的αββα折叠,其锌配位残基具有高度的序列和结构保守性.结论:TMB-1相比NDM-1活性位点Loop3和Loop10上氨基酸残基自由度的降低可能是造成特异水解活性重要原因之一.
目的:模擬金屬β-內酰胺酶TMB-1三維結構,分析其結構特點與水解活性之間的關繫.方法:運用DS 2.5版軟件搜索模闆、序列比對和構建模型,用Ramanchandran圖和3D Profile程序驗證模型,經分子動力學優化與水解後氨芐西林Libdock對接,再經動力學優化後與NDM-1重疊分析模型活性位點關鍵殘基.結果:經Ra-manchandran圖和3D Profile分析,錶明TMB-1蛋白模建結構較為閤理；重疊分析顯示其空間結構為與其他金屬β-內酰胺酶類似的αββα摺疊,其鋅配位殘基具有高度的序列和結構保守性.結論:TMB-1相比NDM-1活性位點Loop3和Loop10上氨基痠殘基自由度的降低可能是造成特異水解活性重要原因之一.
목적:모의금속β-내선알매TMB-1삼유결구,분석기결구특점여수해활성지간적관계.방법:운용DS 2.5판연건수색모판、서렬비대화구건모형,용Ramanchandran도화3D Profile정서험증모형,경분자동역학우화여수해후안변서림Libdock대접,재경동역학우화후여NDM-1중첩분석모형활성위점관건잔기.결과:경Ra-manchandran도화3D Profile분석,표명TMB-1단백모건결구교위합리；중첩분석현시기공간결구위여기타금속β-내선알매유사적αββα절첩,기자배위잔기구유고도적서렬화결구보수성.결론:TMB-1상비NDM-1활성위점Loop3화Loop10상안기산잔기자유도적강저가능시조성특이수해활성중요원인지일.
