计算机应用研究
計算機應用研究
계산궤응용연구
APPLICATION RESEARCH OF COMPUTERS
2013年
8期
2308-2314
,共7页
杨蜜静%尚学群%许涛%王淼
楊蜜靜%尚學群%許濤%王淼
양밀정%상학군%허도%왕묘
时间点连续%基因共表达%一致趋势%双聚类
時間點連續%基因共錶達%一緻趨勢%雙聚類
시간점련속%기인공표체%일치추세%쌍취류
time-continuous%gene co-expression%coherent evolution%bicluster
对某种生物而言,在某段连续时间内共表达的基因预示着其在同时完成某一生物过程或其间存在某种调控关系；而目前在基因表达数据上的大多数双聚类算法都是针对非连续样本点的情况提出的,对于连续样本点(样本之间存在顺序关系)的情况很少涉及.因此在考虑连续样本点的情况下,提出了一种在时序基因表达数据上挖掘极大一致趋势共表达基因集的双聚类算法TCBicluster.在每个时间点产生行常量共表达基因集,进而构造以时间点为顶点、以相邻时间点间满足一致性要求的共表达基因集为边的权值图,并采用扩展连续时间点的方式对权值图进行双聚类挖掘,使用有效的剪枝策略提高算法效率.实验证明,TCBicluster算法比RAP及CC-TSB算法更能有效挖掘极大一致趋势共表达双聚类且具有较高的效率和良好的可扩展性.
對某種生物而言,在某段連續時間內共錶達的基因預示著其在同時完成某一生物過程或其間存在某種調控關繫；而目前在基因錶達數據上的大多數雙聚類算法都是針對非連續樣本點的情況提齣的,對于連續樣本點(樣本之間存在順序關繫)的情況很少涉及.因此在攷慮連續樣本點的情況下,提齣瞭一種在時序基因錶達數據上挖掘極大一緻趨勢共錶達基因集的雙聚類算法TCBicluster.在每箇時間點產生行常量共錶達基因集,進而構造以時間點為頂點、以相鄰時間點間滿足一緻性要求的共錶達基因集為邊的權值圖,併採用擴展連續時間點的方式對權值圖進行雙聚類挖掘,使用有效的剪枝策略提高算法效率.實驗證明,TCBicluster算法比RAP及CC-TSB算法更能有效挖掘極大一緻趨勢共錶達雙聚類且具有較高的效率和良好的可擴展性.
대모충생물이언,재모단련속시간내공표체적기인예시착기재동시완성모일생물과정혹기간존재모충조공관계；이목전재기인표체수거상적대다수쌍취류산법도시침대비련속양본점적정황제출적,대우련속양본점(양본지간존재순서관계)적정황흔소섭급.인차재고필련속양본점적정황하,제출료일충재시서기인표체수거상알굴겁대일치추세공표체기인집적쌍취류산법TCBicluster.재매개시간점산생행상량공표체기인집,진이구조이시간점위정점、이상린시간점간만족일치성요구적공표체기인집위변적권치도,병채용확전련속시간점적방식대권치도진행쌍취류알굴,사용유효적전지책략제고산법효솔.실험증명,TCBicluster산법비RAP급CC-TSB산법경능유효알굴겁대일치추세공표체쌍취류차구유교고적효솔화량호적가확전성.
