电子技术应用
電子技術應用
전자기술응용
APPLICATION OF ELECTRONIC TECHNIQUE
2013年
9期
135-138
,共4页
陈春雷%慕德俊%张慧翔%胡伟
陳春雷%慕德俊%張慧翔%鬍偉
진춘뢰%모덕준%장혜상%호위
DNA-蛋白质匹配%统一计算设备架构%退火算法%线程调度
DNA-蛋白質匹配%統一計算設備架構%退火算法%線程調度
DNA-단백질필배%통일계산설비가구%퇴화산법%선정조도
DNA-protein matching%CUDA%annealing algorithm%thread scheduling
设计实现了一种使用统一计算设备架构(CUDA)加速DNA-蛋白质匹配的方法.详细介绍了一种基于退火算法的DNA-蛋白质匹配方法和CUDA的特点,从计算的角度对匹配方法进行了分析.基于CUDA设计实现并行化方法,并根据CUDA的线程调度策略对并行方法进行了优化.实验结果表明,最大可获得15倍左右的加速比.
設計實現瞭一種使用統一計算設備架構(CUDA)加速DNA-蛋白質匹配的方法.詳細介紹瞭一種基于退火算法的DNA-蛋白質匹配方法和CUDA的特點,從計算的角度對匹配方法進行瞭分析.基于CUDA設計實現併行化方法,併根據CUDA的線程調度策略對併行方法進行瞭優化.實驗結果錶明,最大可穫得15倍左右的加速比.
설계실현료일충사용통일계산설비가구(CUDA)가속DNA-단백질필배적방법.상세개소료일충기우퇴화산법적DNA-단백질필배방법화CUDA적특점,종계산적각도대필배방법진행료분석.기우CUDA설계실현병행화방법,병근거CUDA적선정조도책략대병행방법진행료우화.실험결과표명,최대가획득15배좌우적가속비.
