南方农业学报
南方農業學報
남방농업학보
GUANGXI AGRICULTURAL SCIENCES
2013年
8期
1362-1366
,共5页
杨永强%谢海强%刘彬%孙岩岩%赵顺林%肖希希%龚俞%焦仁刚%张依裕
楊永彊%謝海彊%劉彬%孫巖巖%趙順林%肖希希%龔俞%焦仁剛%張依裕
양영강%사해강%류빈%손암암%조순림%초희희%공유%초인강%장의유
SOCS5基因%SNP位点%启动子%CpG岛%贵州务川黑牛%中国荷斯坦奶牛
SOCS5基因%SNP位點%啟動子%CpG島%貴州務川黑牛%中國荷斯坦奶牛
SOCS5기인%SNP위점%계동자%CpG도%귀주무천흑우%중국하사탄내우
SOCS5%SNP%promoter%CpG island%Wuchuan black cattle%Chinese Holstein cow
[目的]筛选SOCS5基因启动子区多态位点(SNP),并研究其对启动子功能元件的影响.[方法]选择贵州地方优良品种务川黑牛和中国荷斯坦奶牛两种生长性能差异明显的品种构建DNA池,直接测序后用DNASTAR软件进行序列拼接和校正,BLAST分析SOCS5基因多态性,然后用生物信息学软件预测序列核心启动子区和CpG岛,分析SNP位点对转录因子结合位点影响.[结果]牛SOCS基因5调控区和第1外显子区存在3个SNP位点,分别为:C-577T、T-43C和C+61T,其中C+61T与SNP数据库中的rs110977810信息相符,C-577T和T-43C为新发现SNP位点.生物信息学软件预测得到SOCS5基因核心启动子区和CpG岛,SNP位点导致附近大量转录因子结合位点消失和新位点产生;SNP位点对转录因子结合位点有显著影响,但对核心启动子范围和起始位点无明显影响,不在甲基化水平上影响SOCS5基因表达水平.[结论]牛SOCS5基因5'调控区存在3个对启动子功能元件有较大影响的SNP位点.
[目的]篩選SOCS5基因啟動子區多態位點(SNP),併研究其對啟動子功能元件的影響.[方法]選擇貴州地方優良品種務川黑牛和中國荷斯坦奶牛兩種生長性能差異明顯的品種構建DNA池,直接測序後用DNASTAR軟件進行序列拼接和校正,BLAST分析SOCS5基因多態性,然後用生物信息學軟件預測序列覈心啟動子區和CpG島,分析SNP位點對轉錄因子結閤位點影響.[結果]牛SOCS基因5調控區和第1外顯子區存在3箇SNP位點,分彆為:C-577T、T-43C和C+61T,其中C+61T與SNP數據庫中的rs110977810信息相符,C-577T和T-43C為新髮現SNP位點.生物信息學軟件預測得到SOCS5基因覈心啟動子區和CpG島,SNP位點導緻附近大量轉錄因子結閤位點消失和新位點產生;SNP位點對轉錄因子結閤位點有顯著影響,但對覈心啟動子範圍和起始位點無明顯影響,不在甲基化水平上影響SOCS5基因錶達水平.[結論]牛SOCS5基因5'調控區存在3箇對啟動子功能元件有較大影響的SNP位點.
[목적]사선SOCS5기인계동자구다태위점(SNP),병연구기대계동자공능원건적영향.[방법]선택귀주지방우량품충무천흑우화중국하사탄내우량충생장성능차이명현적품충구건DNA지,직접측서후용DNASTAR연건진행서렬병접화교정,BLAST분석SOCS5기인다태성,연후용생물신식학연건예측서렬핵심계동자구화CpG도,분석SNP위점대전록인자결합위점영향.[결과]우SOCS기인5조공구화제1외현자구존재3개SNP위점,분별위:C-577T、T-43C화C+61T,기중C+61T여SNP수거고중적rs110977810신식상부,C-577T화T-43C위신발현SNP위점.생물신식학연건예측득도SOCS5기인핵심계동자구화CpG도,SNP위점도치부근대량전록인자결합위점소실화신위점산생;SNP위점대전록인자결합위점유현저영향,단대핵심계동자범위화기시위점무명현영향,불재갑기화수평상영향SOCS5기인표체수평.[결론]우SOCS5기인5'조공구존재3개대계동자공능원건유교대영향적SNP위점.
