作物学报
作物學報
작물학보
ACTA AGRONOMICA SINICA
2014年
2期
240-252
,共13页
袁清华%谢锐鸿%张振臣%马柱文%李集勤%李淑玲%陈俊标
袁清華%謝銳鴻%張振臣%馬柱文%李集勤%李淑玲%陳俊標
원청화%사예홍%장진신%마주문%리집근%리숙령%진준표
烟草%表达序列标签%抗病基因同源物%SSR
煙草%錶達序列標籤%抗病基因同源物%SSR
연초%표체서렬표첨%항병기인동원물%SSR
Nicotiana%Expressed sequence tags%Resistance gene analogs%SSR
烟草是研究植物与病原菌互作的理想材料.鉴定烟草抗病基因及其同源物对揭示抗病机制具有重要意义.近年来公共数据库不断增长的EST序列为烟草表达RGA的鉴定提供丰富的数据.本研究通过拼接GenBank收录的412 325条烟草EST序列,获得149 606条Uni-EST序列.随后利用已克隆的112个植物R基因蛋白序列对其扫描,检测出1113个NtRGA,其中有273、546、53、102和30个分别包含NBS-LRR、LRR-PK、LRR、PK和Mlo结构域,另有109个未检测到结构域.通过序列比对将1071个NtRGA定位于N.benthamiana基因组712个位点上.经搜索,从72个NtRGA中检测出78个SSR,根据其侧翼序列设计64对引物.54对成功从烟草基因组DNA中扩增出清晰条带,9对在24个普通烟草品种间检测出多态性,检出等位基因数2～4个,平均2.56个;41对在6个烟草种间检测出多态性,检出等位基因数2～4个,平均2.61个.
煙草是研究植物與病原菌互作的理想材料.鑒定煙草抗病基因及其同源物對揭示抗病機製具有重要意義.近年來公共數據庫不斷增長的EST序列為煙草錶達RGA的鑒定提供豐富的數據.本研究通過拼接GenBank收錄的412 325條煙草EST序列,穫得149 606條Uni-EST序列.隨後利用已剋隆的112箇植物R基因蛋白序列對其掃描,檢測齣1113箇NtRGA,其中有273、546、53、102和30箇分彆包含NBS-LRR、LRR-PK、LRR、PK和Mlo結構域,另有109箇未檢測到結構域.通過序列比對將1071箇NtRGA定位于N.benthamiana基因組712箇位點上.經搜索,從72箇NtRGA中檢測齣78箇SSR,根據其側翼序列設計64對引物.54對成功從煙草基因組DNA中擴增齣清晰條帶,9對在24箇普通煙草品種間檢測齣多態性,檢齣等位基因數2～4箇,平均2.56箇;41對在6箇煙草種間檢測齣多態性,檢齣等位基因數2～4箇,平均2.61箇.
연초시연구식물여병원균호작적이상재료.감정연초항병기인급기동원물대게시항병궤제구유중요의의.근년래공공수거고불단증장적EST서렬위연초표체RGA적감정제공봉부적수거.본연구통과병접GenBank수록적412 325조연초EST서렬,획득149 606조Uni-EST서렬.수후이용이극륭적112개식물R기인단백서렬대기소묘,검측출1113개NtRGA,기중유273、546、53、102화30개분별포함NBS-LRR、LRR-PK、LRR、PK화Mlo결구역,령유109개미검측도결구역.통과서렬비대장1071개NtRGA정위우N.benthamiana기인조712개위점상.경수색,종72개NtRGA중검측출78개SSR,근거기측익서렬설계64대인물.54대성공종연초기인조DNA중확증출청석조대,9대재24개보통연초품충간검측출다태성,검출등위기인수2～4개,평균2.56개;41대재6개연초충간검측출다태성,검출등위기인수2～4개,평균2.61개.
