作物学报
作物學報
작물학보
ACTA AGRONOMICA SINICA
2014年
2期
191-197
,共7页
吕远大%李坦%石丽%张晓林%赵涵
呂遠大%李坦%石麗%張曉林%趙涵
려원대%리탄%석려%장효림%조함
玉米H99自交系%高通量测序%电子PCR%多态性SSR
玉米H99自交繫%高通量測序%電子PCR%多態性SSR
옥미H99자교계%고통량측서%전자PCR%다태성SSR
Maize inbred line H99%High throughout sequencing%ePCR%Polymorphic SSR
随着基因组测序技术和计算生物学的发展,利用生物信息学的方法大规模挖掘基因组特异分子标记已成为可能.玉米自交系H99具有较强的可再生能力,是玉米转基因研究的主要供体材料,但是目前对H99基因组信息了解甚少.本研究利用高通量Illumina测序技术,对H99全基因组进行重测序,利用生物信息学手段大规模挖掘并开发了4043个H99特异性的SSR分子标记.随后利用模拟PCR策略,对开发的SSR分子标记进行电子多态性筛选,针对B73×H99、Mo17×H99和B73×Mo17三个群体亲本组合共开发2699候选的特异多态性SSR分子标记.随机挑选20对SSR分子标记对群体亲本B73、H99和Mo17进行多态性筛选,进一步证实候选的多态性具有95％的准确率.此外,基于B73参考序列对开发的多态性SSR分子标记进行全基因组染色体定位及基因注释,揭示了候选多态性SSR分子标记在全基因组及基因内的分布特征.为玉米自交系H99开发了大量的分子标记资源,同时也为快速开发品种间多态性分子标记提供了一套高效可行的分析方法.
隨著基因組測序技術和計算生物學的髮展,利用生物信息學的方法大規模挖掘基因組特異分子標記已成為可能.玉米自交繫H99具有較彊的可再生能力,是玉米轉基因研究的主要供體材料,但是目前對H99基因組信息瞭解甚少.本研究利用高通量Illumina測序技術,對H99全基因組進行重測序,利用生物信息學手段大規模挖掘併開髮瞭4043箇H99特異性的SSR分子標記.隨後利用模擬PCR策略,對開髮的SSR分子標記進行電子多態性篩選,針對B73×H99、Mo17×H99和B73×Mo17三箇群體親本組閤共開髮2699候選的特異多態性SSR分子標記.隨機挑選20對SSR分子標記對群體親本B73、H99和Mo17進行多態性篩選,進一步證實候選的多態性具有95％的準確率.此外,基于B73參攷序列對開髮的多態性SSR分子標記進行全基因組染色體定位及基因註釋,揭示瞭候選多態性SSR分子標記在全基因組及基因內的分佈特徵.為玉米自交繫H99開髮瞭大量的分子標記資源,同時也為快速開髮品種間多態性分子標記提供瞭一套高效可行的分析方法.
수착기인조측서기술화계산생물학적발전,이용생물신식학적방법대규모알굴기인조특이분자표기이성위가능.옥미자교계H99구유교강적가재생능력,시옥미전기인연구적주요공체재료,단시목전대H99기인조신식료해심소.본연구이용고통량Illumina측서기술,대H99전기인조진행중측서,이용생물신식학수단대규모알굴병개발료4043개H99특이성적SSR분자표기.수후이용모의PCR책략,대개발적SSR분자표기진행전자다태성사선,침대B73×H99、Mo17×H99화B73×Mo17삼개군체친본조합공개발2699후선적특이다태성SSR분자표기.수궤도선20대SSR분자표기대군체친본B73、H99화Mo17진행다태성사선,진일보증실후선적다태성구유95％적준학솔.차외,기우B73삼고서렬대개발적다태성SSR분자표기진행전기인조염색체정위급기인주석,게시료후선다태성SSR분자표기재전기인조급기인내적분포특정.위옥미자교계H99개발료대량적분자표기자원,동시야위쾌속개발품충간다태성분자표기제공료일투고효가행적분석방법.
