基因组学与应用生物学
基因組學與應用生物學
기인조학여응용생물학
GENOMICS AND APPLIED BIOLOGY
2013年
5期
660-666
,共7页
同义密码子%密码子使用偏性%背景核苷酸%GC3%高表达基因
同義密碼子%密碼子使用偏性%揹景覈苷痠%GC3%高錶達基因
동의밀마자%밀마자사용편성%배경핵감산%GC3%고표체기인
Synonymous codons%Codon usage bias%Background nucleotide composition%GC-content at third codon position%Highly expressed genes
在基因组学水平上研究密码子使用偏性模式、成因并分析进化过程中的选择压力在基因组学研究中有重要意义。文章概述了目前提出的密码子使用偏性的量化方法及实现原理。目前研究发现:有些量化密码子偏性的方法受高表达基因参考数据集未完全注释的限制,不同密码子位置对变异和选择的影响不同,以及不同密码子位置处GC含量和嘌呤含量的贡献不同。由此展望密码子偏性量化方法发展方向为:需要设计不需要相关参考基因集合先验知识的密码子使用偏性量化方法;考虑不同位置处背景核苷酸组成的密码子使用偏性的量化方法;同时考虑基因表达水平的密码子使用偏性量化方法。最后,归纳了目前可用的密码子使用偏性的量化工具和数据库。
在基因組學水平上研究密碼子使用偏性模式、成因併分析進化過程中的選擇壓力在基因組學研究中有重要意義。文章概述瞭目前提齣的密碼子使用偏性的量化方法及實現原理。目前研究髮現:有些量化密碼子偏性的方法受高錶達基因參攷數據集未完全註釋的限製,不同密碼子位置對變異和選擇的影響不同,以及不同密碼子位置處GC含量和嘌呤含量的貢獻不同。由此展望密碼子偏性量化方法髮展方嚮為:需要設計不需要相關參攷基因集閤先驗知識的密碼子使用偏性量化方法;攷慮不同位置處揹景覈苷痠組成的密碼子使用偏性的量化方法;同時攷慮基因錶達水平的密碼子使用偏性量化方法。最後,歸納瞭目前可用的密碼子使用偏性的量化工具和數據庫。
재기인조학수평상연구밀마자사용편성모식、성인병분석진화과정중적선택압력재기인조학연구중유중요의의。문장개술료목전제출적밀마자사용편성적양화방법급실현원리。목전연구발현:유사양화밀마자편성적방법수고표체기인삼고수거집미완전주석적한제,불동밀마자위치대변이화선택적영향불동,이급불동밀마자위치처GC함량화표령함량적공헌불동。유차전망밀마자편성양화방법발전방향위:수요설계불수요상관삼고기인집합선험지식적밀마자사용편성양화방법;고필불동위치처배경핵감산조성적밀마자사용편성적양화방법;동시고필기인표체수평적밀마자사용편성양화방법。최후,귀납료목전가용적밀마자사용편성적양화공구화수거고。
Genome-wide investigations of codon bias patterns, their causes and consequences, and identifying se-lective forces that shape their evolution are significant in studies of genome biology. We outline different principles and methods of measurement of codon usage bias (CUB). The former measures are highly dependent on their corre-sponding reference sets (from which preferred codons are derived) and accordingly are limited by the comprehen-siveness and accuracy of reference sets. in addition to GC content, purine content is also a significant feature of background nucleotide composition (BNC). So we should provide means that incorporates GC content of coding se-quence as BNC into CUB estimation. At last, We have compiled a list of computer algorithms and software available for estimating codon bias.