基因组学与应用生物学
基因組學與應用生物學
기인조학여응용생물학
GENOMICS AND APPLIED BIOLOGY
2013年
5期
627-632
,共6页
方家林%龙青姨%华玉伟%黄华孙
方傢林%龍青姨%華玉偉%黃華孫
방가림%룡청이%화옥위%황화손
橡胶树%魏克汉种质%EST-SSRs%群体结构%关联分析
橡膠樹%魏剋漢種質%EST-SSRs%群體結構%關聯分析
상효수%위극한충질%EST-SSRs%군체결구%관련분석
Hevea brasiliensis%Wickham germplasm%EST-SSRs%Population structure%Association analysis
群体结构是引起关联分析假阳性的最主要因素。本研究基于25个EST-SSRs位点,分析了283份橡胶树魏克汉种质群体的哈迪-温伯格平衡和群体分层情况。结果表明,在被检查的25个位点中13个位点偏离哈迪-温伯格平衡;在共祖系数为50%、60%、70%和80%时,283份种质中具有明确亚群归属的分别只有155份、110份、61份和22份,分别占总种质的54.78%、38.87%、21.55%和7.78%。同时,25个多态位点共形成了300个位点组合,20个位点组合(6.67%)呈显著的连锁不平衡状态,其中5个位点组合(1.67%)达到极显著连锁不平衡。由上可知283份橡胶树魏克汉种质所构成的群体具有一定的群体分层,但分化程度较小,可用于关联分析。
群體結構是引起關聯分析假暘性的最主要因素。本研究基于25箇EST-SSRs位點,分析瞭283份橡膠樹魏剋漢種質群體的哈迪-溫伯格平衡和群體分層情況。結果錶明,在被檢查的25箇位點中13箇位點偏離哈迪-溫伯格平衡;在共祖繫數為50%、60%、70%和80%時,283份種質中具有明確亞群歸屬的分彆隻有155份、110份、61份和22份,分彆佔總種質的54.78%、38.87%、21.55%和7.78%。同時,25箇多態位點共形成瞭300箇位點組閤,20箇位點組閤(6.67%)呈顯著的連鎖不平衡狀態,其中5箇位點組閤(1.67%)達到極顯著連鎖不平衡。由上可知283份橡膠樹魏剋漢種質所構成的群體具有一定的群體分層,但分化程度較小,可用于關聯分析。
군체결구시인기관련분석가양성적최주요인소。본연구기우25개EST-SSRs위점,분석료283빈상효수위극한충질군체적합적-온백격평형화군체분층정황。결과표명,재피검사적25개위점중13개위점편리합적-온백격평형;재공조계수위50%、60%、70%화80%시,283빈충질중구유명학아군귀속적분별지유155빈、110빈、61빈화22빈,분별점총충질적54.78%、38.87%、21.55%화7.78%。동시,25개다태위점공형성료300개위점조합,20개위점조합(6.67%)정현저적련쇄불평형상태,기중5개위점조합(1.67%)체도겁현저련쇄불평형。유상가지283빈상효수위극한충질소구성적군체구유일정적군체분층,단분화정도교소,가용우관련분석。
Population stratification is key reason resulting in false association in association analysis. Analysis of Hardy-Weinberg equilibrium and population structure on 283 Wickham germplasm was carried out by 25 EST-SSRs. The result showed that 13 of 25 EST-SSRs showed that there were Hardy-Weinberg equilibrium, and 54.78%, 38.87%, 21.55%and 7.78%of entire Wickham germplasm could be of population stratification, additionally, 20 locus combinations (6.67%) of 300 EST-SSRs combinations-derived 25 EST-SSRs were significantly linkage dis-equilibrium. So there was genetic diversity of 283 Wickham germplasm but the level of genetic diversity was lower, the population could be used for association study.